研讨会由孙之荣教授致开幕词。孙之荣教授首先介绍了生物信息学学科的研究范畴、重要作用和发展方向，描述了生物信息学学术团体在中国的现状和挑战，强调了成立生物信息学一级学会的必要性，并指出生物信息学科的建设和发展将进入一个新的时代。
接下来，来自黑龙江省、上海市、北京市、浙江省、湖南省、湖北省、四川省、广东省、重庆省和江苏省等地的生物信息学学会负责人分别介绍了各地方生物信息学学会的基本情况。黑龙江省生物信息学学会理事长李霞教授介绍了黑龙江省生物信息学学会在形式创新、服务社会与科技工作者方面所做出的努力和贡献。上海市生物信息学学会理事长李亦学教授讲述了上海生物信息学学会围绕推广生物信息学的理论研究和实际应用所做出的一系列举措。北京市生物信息学学会秘书长朱怀球教授对北京市生物信息学学会的筹办经过、学术交流和学会的活动计划进行了详细的介绍。浙江省生物信息学学会理事长陈铭教授依托“立足浙江，走在前列；服务浙江，创新发展”的学会宗旨，向与会人员介绍了浙江省生物信息学学会从成立至今所取得的成果和对未来的思考。湖南省生物信息学学会理事长彭绍亮教授以“产学研”为中心，讲述了湖南生物信息学学会围绕“产学研”一体化所举办的一系列学术活动和计划。湖北省生物信息学学会理事长张红雨教授以湖北生物信息学学会承办的学术会议为线索，讲述了学会发展所取得的成绩和遇到的问题。四川省生物信息学学会理事长沈百荣教授较为全面地对四川省生物信息学学会的申请、现状、计划和特色进行了介绍。广东省生物信息学学会理事长谢志教授详细介绍了学会承办的学术交流、行业会议、学科普及等工作。重庆市生物信息学学会秘书长冉隆科教授介绍了学会在促进重庆市生物信息学发展和发荣、促进学术和技术的应用、培养学科人才方面的努力和尝试。江苏省生物信息学学会代表姜伟教授介绍了江苏生物信息学学会为推动生物信息学的学术发展和理论普及所主办的学术交流、科普和培训活动。同济大学的黄德双教授介绍了面向全国生物信息学学会的生物医学数据挖掘与计算专业小组的筹建情况。这些经验分享为各地方生物信息学学会的进一步发展带来了新的思路，为筹备中的地方生物信息学学会提供了宝贵经验，有助于推动其他地方学会的建设。
之后，来自同济大学的张勇教授介绍了第九届全国生物信息学与系统生物学学术大会的筹备情况。与会人员就下届大会的组织方式和中国生物信息学学科的未来发展方向、制约问题与解决办法等问题进行了深入的探讨，北京大学的张泽民教授、中科院马普计算所的王泽峰教授等专家纷纷发言，为下一届大会的筹办和如何促进生物信息学领域更好地发展提出了很多真知灼见。
本次会议的召开，不仅交流了地方学会建设与运行相关的经验，也就生物信息学学科的总体布局、发展方向等领域内重要问题达成了共识，将对中国生物信息学的发展起到重要促进作用。
