(国家超级计算广州中心(中山大学) 广州 510006) (jingkun.chen@nscc-gz.cn)
出版日期: 2019-04-01基金资助:国家自然科学基金项目(61520106005，61761136014)；国家重点研发计划项目(2017YFB1010000)An Overlap Store Optimization for Large-Scale Parallel Earth Science Application
Chen Jingkun Du Yunfei(National Supercomputer Center in Guangzhou (Sun Yat-sen University), Guangzhou 510006)
Online: 2019-04-01摘要/Abstract
摘要： 存储是地球科学类软件的重要组成部分，周期性输出中间态和检查点会带来大量的访存操作，不恰当的访存设计会严重影响软件在大规模计算时的性能表现.针对地球科学类软件的存储问题，从软件层面提出一个重叠存储优化方法，通过设置额外的I/O进程隐藏输出过程.该重叠存储优化主要有3个优势：1)将输出和计算操作重叠在一起，实现了输出的重叠化和隐藏化；2)抑制了收集通信的开销，突破了收集操作的通信带宽瓶颈和内存限制；3)能容易地使用各种高级并行输出库函数.利用重叠存储优化了天河二号上的WRF，ROMS_AGRIF，GRAPES，并完成了性能测试.结果表明：经过存储优化后，程序的峰值性能都获得了显著的提升.还讨论了在固定总进程数下，计算进程和I/O进程数的最佳比例是多少.优化后的程序与原版相比，模式专家只需要在配置文件额外设置2个新变量即可使用，十分易于学习.
参考文献
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