N6-甲基腺苷（m6A）修饰是一种普遍存在且有重要生物学功能的RNA化学修饰。细胞内几乎所有类型的RNA分子中均广泛存在m6A修饰。目前，大多数研究均通过调控m6A甲基转移酶（Writer），去甲基化酶（Eraser）和m6A阅读蛋白（Reader）的活性来研究m6A修饰的生物学功能。然而，需要注意的是上述研究策略改变了整个转录组的m6A状态，最终表型取决于来自不同类型转录本m6A状态变化的综合效应，导致难以确定究竟哪种或者哪类转录本的m6A修饰对最终表型起主要作用，甚至导致相互矛盾的结论。因此，尤为需要开展具有转录本特异性的m6A功能研究。另一方面，MALAT1基因在脊椎动物中高度保守，其转录本为一种长度约为8 kb的长链非编码RNA（long noncoding RNA, lncRNA），在核斑上高度富集。许多研究已发现lncRNA MALAT1的高表达与非小细胞肺癌、食管癌等多类肿瘤的侵袭转移风险高度正相关。但是，MALAT1如何促进侵袭转移发生的分子机制一直尚未明确。
作者对食管癌细胞系KYSE-30进行meRIP-seq发现MALAT1富含30个高度可信的m6A修饰位点，其中的28个集中分布在长度约为1.5kb且高度保守的区域内。作者进一步发现虽然MALAT1基因表达量在缺失m6A修饰后几乎没有变化，但数百个癌症相关基因的表达量在MALAT1-Δm6A细胞中却发生了显著变化，并展现出增殖和侵袭转移能力显著抑制的表型。为阐明MALAT1-m6A如何调控侵袭转移，作者利用定量蛋白质谱发现MALAT1-Δm6A能够导致几十种核斑定位蛋白在核斑上富集程度降低；同时利用自主开发的3D-SIM超分辨显微镜和光片显微镜系统对比了野生型和MALAT1-Δm6A细胞中RBM15、YTHDC1、SF3A1、PABPN1与核斑的共定位、动态互作等性质的差别。成像结果表明：与野生型细胞相比，在MALAT1-Δm6A细胞中，RBM15斑点与核斑的互作（contact）显著减少，同时YTHDC1、SF3A1和PABPN1在核斑中的富集显著降低；而且这些蛋白在核斑富集水平的降低可以被野生型MALAT1恢复，但无法被m6A突变型MALAT1恢复。
图1 . 野生型和MALAT1-Δm6A细胞中RBM15斑点与核斑互作，以及YHDC1在核斑中富集程度的对比。
核斑组分的变化又如何导致癌症相关基因表达的改变？作者利用CUT&Tag测序发现核斑与相关基因的结合位点主要位于这些基因的转录起始位点，而MALAT1-Δm6A显著减弱了核斑与转录起始位点的结合，这其中包括420个在MALAT1-Δm6A细胞中转录下调的基因。作者选取JUN和TWIST2两个代表性原癌基因，用3D-SIM超分辨成像统计了免疫荧光标记的核斑与DNA-FISH标记的基因座位的相对距离，结果表明MALAT1-Δm6A使上述两个基因与核斑的接触频率显著下降，这印证了CUT&Tag测序结果。作者进一步在m6A缺陷的MALAT1基因座位敲入MS2适配子序列，以此实现m6A reader蛋白YTHDC1的特异性回补（MALAT1-Δm6A+MCP-YTHDC1）。结果显示，通过在lncRNA MALAT1-Δm6A上特异性结合YTHDC1可重新富集大多数含量下调的核斑蛋白，进而恢复核斑与癌症相关基因的结合，促进其表达，最终可在小鼠模型中显著恢复MALAT1-Δm6A细胞的增殖和侵袭转移能力。
图2. MALAT1通过其m6A修饰调控基因表达示意图。
综上，本研究展示了超分辨显微成像提供的时空动态信息与分子生化、质谱、测序等实验结果互为补充和印证，从多角度揭示了lncRNA MALAT1的m6A修饰在癌细胞增殖和侵袭转移能力中关键作用。
中科院生物物理研究所李栋课题组助理研究员王新禹博士（兼共通讯作者）、博士研究生刘冲、张思微为该论文的共同第一作者；中科院生物物理研究所卜鹏程课题组对动物实验给予了大力帮助；中国科学院生物物理研究所、广州生物岛实验室李栋研究员为该论文的通讯作者（Lead contact）。本研究得到了科技部、国家自然科学基金委、中国科学院、腾讯“科学探索奖”的资助。
文章链接：https://doi.org/10.1016/j.devcel.2021.01.015
（供稿：李栋研究组）
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