基本信息
张世华男 博导中国科学院数学与系统科学研究院
电子邮件： zsh@amss.ac.cn
通信地址： 北京市海淀区中关村东路55号
邮政编码： 100190


研究领域

运筹、统计与生物信息学

机器学习与大数据理论
深度学习及其应用
详细内容请参考个人实验室主页：http://page.amss.ac.cn/shihua.zhang/



招生信息
招收硕博连读研究生1-2名、博士生1名


招生专业070105-运筹学与控制论
071400-统计学

招生方向优化，统计，机器学习与生物信息学
生物医学统计、统计机器学习、深度学习


教育背景2003-09--2008-06中国科学院数学与系统科学研究院博士

学历 -- 研究生

学位 -- 博士


工作经历

2018-04--至今 中国科学院数学与系统科学研究院 研究员
2014-08--2015-04 美国哈佛大学 访问研究员
2013-09--2014-03 日本东京大学 访问研究员
2013-03--2018-03 中国科学院数学与系统科学研究院 副研究员
2012-10--2013-03 新加坡国立大学 访问
2011-10--2011-12 加州洛杉矶分校 访问
2008-07--2011-02 南加州大学 博士后研究
2008-07--2013-02 中国科学院数学与系统科学研究院 助理研究员










教授课程大数据科学
深度学习概论
生物信息学前沿专题选讲
生物信息学前沿选讲
生物信息学与计算系统生物学
生物信息学与系统生物学


专利与奖励
奖励信息（1） 国家青年拔尖人才, 国家级, 2017
（2） 钟家庆运筹学奖, , 其他, 2015
（3） 国家自然科学基金优秀青年基金, , 国家级, 2014
（4） 中国科学院卓越青年科学家项目, , 部委级, 2014
（5） 中国科学院卢嘉锡青年人才奖, , 部委级, 2013
（6） 中国青年科技奖, , 部委级, 2013
（7） 陈景润未来之星, , 研究所（学校）, 2011
（8） 全国百篇优秀博士论文奖, , 国家级, 2010
（9） 中国科学院院长奖特等奖, , 部委级, 2008

专利成果

出版信息
发表论文（1）Comparative pan-cancer DNA methylation analysis reveals cancer common and specific patterns,Briefings in Bioinformatics,2017,通讯作者
（2）Discovery of cancer common and specific gene sets.,Nucleic Acids Research,2017,通讯作者
（3）Joint modeling of multiple RNA-seq samples for accurate isoform quantification.,Annals of Applied Statistics,2017,通讯作者
（4）Large-scale determination and characterization of cell type-specific regulatory elements in the human genome.,Journal of Molecular Cell Biology,2017,通讯作者
（5）Integrative analysis for identifying joint modular patterns of gene-expression and drug-response data,Bioinformatics,2016,通讯作者
（6）Systematic DNA methylation analysis of multiple cell lines reveals common and specific patterns within and across tissues of origin.,Hum. Mol. Genet.,2015,通讯作者
（7）Profiling the transcription factor regulatory networks of human cell types,Nucleic Acids Research,2014,第1作者
（8）Discovery of cell-type specific regulatory elements in the human genome by differential chromatin modification analysis.,Nucleic Acids Research ,2013,通讯作者
（9）Discovery of multi-dimensional modules by integrative analysis of cancer genomic data. ,Nucleic Acids Research,2012,第1作者
（10）Common community Structure in Time-varying Networks.,Physical Review E,2012,第1作者
（11）Efficient methods for identifying mutated driver pathways in cancer. ,Bioinformatics,2012,通讯作者
（12）A novel computational framework for simultaneous integration of multiple functional genomic data to identify microRNA-gene regulatory modules.,Bioinformatics,2011,第1作者
（13）A fast mathematical programming procedure for simultaneous fitting of assembly components into cryo-EM density maps. ,Bioinformatics,2010,第1作者
（14）Determining modular organization of protein interaction networks by maximizing modularity density.,BMC Systems Biology,2010,第1作者
（15）
（16）
（17）

发表著作

科研活动
科研项目（ 1 ） 基于数据整合识别微小RNA 调控元件的优化模型和算法研究, 主持,国家级,2011-01--2013-12
（ 2 ） 中国科学院青年创新促进会, 主持,国家级,2011-01--2014-12
（ 3 ） 复杂网络中的优化问题及其在系统生物学中的应用, 参与,国家级,2012-01--2016-12
（ 4 ） 陈景润未来之星, 主持,市地级,2011-01--2013-12
（ 5 ） 生物信息学, 主持,国家级,2015-01--2017-12
（ 6 ） 卓越青年科学家项目, 主持,国家级,2014-07--2017-06
（ 7 ） 基于数据整合的计算癌症基因组学研究, 主持,国家级,2014-01--2017-12
（ 8 ） 网络化知识的基础理论与应用, 参与,国家级,2017-01--2022-12
（ 9 ） 癌症基因组大数据深度分析中的优化建模和算法研究, 主持,国家级,2017-01--2019-12
（ 10 ） 国家青年拔尖人才, 主持,国家级,2018-01--2020-12
（ 11 ） 生物大数据的深度挖掘理论, 主持,部委级,2016-07--2021-06
（ 12 ） 生物大数据的整合建模, 主持,部委级,2017-07--2019-06

参与会议

合作情况
项目协作单位

指导学生已指导学生
章帅硕士研究生070105-运筹学与控制论
李学峰硕士研究生070105-运筹学与控制论
王蓓博士研究生070105-运筹学与控制论
王灿博士研究生070105-运筹学与控制论
张丽华博士研究生070105-运筹学与控制论
现指导学生
闫晓芳硕士研究生070105-运筹学与控制论
党大昌硕士研究生070105-运筹学与控制论
翟鹏龙硕士研究生070105-运筹学与控制论
刘星言硕士研究生070105-运筹学与控制论