基本信息
伊廷双男博导中国科学院昆明植物研究所
电子邮件： tingshuangyi@mail.kib.ac.cn
通信地址： 云南省昆明市蓝黑路132号中科院昆明植物所
邮政编码： 650201
部门/实验室：中国西南野生生物种质资源库
研究领域




1. 植物分子系统发育基因组学
利用核、叶绿体基因组和线粒体系统发育基因组学方法重建种子植物科级水平，固氮分支（豆目、蔷薇目、壳斗目和葫芦目）及其分支内蔷薇科、豆科、鼠李科、大麻科等类群的生命之树，重建支系间的系统发育关系，确定主要支系和属种的分类范畴。并在构建的系统发育框架下，探讨叶绿体基因组进化机制，固氮性状及果实等形态性状的起源和多样化。
2. 植物多样化形成和维持机制
依据构建的系统发育树，结合古地质、古气候和化石证据推断类群的起源，现在分布格局形成的历史。探讨新性状获得、开拓新生境能力和基因组加倍等因子对物种多样化的影响。
3. 智能植物志“iFlora”
中国维管植物“iFlora”平台构建。对固氮分支，及该分支内的豆科、蔷薇科、鼠李科、大麻科等类群开展DNA条形码和组学数据为主的超级条形码（ultra-barcoding）研究。














招生信息



01 植物多样性形成、演化与生物地理学











招生专业071001-植物学

招生方向01 植物多样性形成、演化与生物地理学


教育背景1999-09--2002-07中国科学院昆明植物研究所博士学位
1996-09--1999-07中国科学院昆明植物研究所硕士学位
1992-09--1996-07山东师范大学生物系学士学位

学历

博士





学位

博士学位



出国学习工作









2012.7-2012.8， 访问教授， 东京大学，Komaba Grduate School of Arts and Sciences.
2009.2-2009.4，访问，美国自然历史博物馆，史密斯研究所。
2006.8-2006.9， 访问，美国自然历史博物馆，史密斯研究所。
2004.11- 2006.8，博士后，美国匹茨堡大学生物系。合作教授：Susan Kalisz博士。
2002.11-2004.11，博士后，美国芝加哥Field 自然历史博物馆植物系。合作教授：Jun Wen博士。











































































































工作经历


2011.5-， 研究员，中科院昆明植物研究所中国西南种质资源库。
2006.10-2011.5，副研究员，中科院昆明植物研究所中国西南种质资源库。








工作简历2018-05~现在,中国科学院昆明植物研究所,研究员
2006-09~2011-05,中国科学院昆明植物研究所,副研究员
2002-12~2004-10,美国芝加哥Field 自然历史博物馆植物系,博士后
2002-11~2004-07,美国匹茨堡大学生物,博士后

社会兼职

教授课程植物系统学
种子植物系统学
分子生物地理学


专利与奖励
2012年度中国科学院王宽诚西部突出贡献奖

奖励信息（1） 中国科学院王宽诚西部突出贡献奖, , 院级, 2012

专利成果

出版信息

伊廷双，张书东，蕈树科Altingiaceae. 见：李德铢等编，中国维管植物科属词典。北京：科学出版社.（ISBN 978-7-03-055120-7）
张书东, 伊廷双，蔷薇科Rosaceae. 见：李德铢等编，中国维管植物科属词典。北京：科学出版社.（ISBN 978-7-03-055120-7）
张书东，伊廷双，鼠李科Rhamnaceae. 见：李德铢等编，中国维管植物科属词典。北京：科学出版社, .（ISBN 978-7-03-055120-7）
张书东，伊廷双，榆科Ulmaceae. 见：李德铢等编，中国维管植物科属词典。北京：科学出版社.（ISBN 978-7-03-055120-7）
伊廷双，张书东，景天科Crassulaceae. 见：李德铢等编，中国维管植物科属词典。北京：科学出版社.（ISBN 978-7-03-055120-7）
张书东，伊廷双，桑科Moraceae. 见：李德铢等编，中国维管植物科属词典。北京：科学出版社.（ISBN 978-7-03-055120-7）
伊廷双，张书东，2018. 茶藨子科 Grossulariaceae. 见：李德铢等编，中国维管植物科属词典。北京：科学出版社.（ISBN 978-7-03-055120-7）
伊廷双，张书东，2018. 金缕梅科Hamamelidaceae. 见：李德铢等编，中国维管植物科属词典。北京：科学出版社.（ISBN 978-7-03-055120-7）
伊廷双，张书东，2018. 交让木科Daphniphyllaceae. 见：李德铢等编，中国维管植物科属词典。北京：科学出版社.（ISBN 978-7-03-055120-7）
伊廷双，2018. 芍药科Paeoniaceae. 见：李德铢等编，中国维管植物科属词典。北京：科学出版社.（ISBN 978-7-03-055120-7）
伊廷双，2018. 小二仙草科Haloragaceae. 见：李德铢等编，中国维管植物科属词典。北京：科学出版社.（ISBN 978-7-03-055120-7）
伊廷双，2018. 大麻科 Cannabaceae. 见：李德铢等编，中国维管植物科属词典。北京：科学出版社. （ISBN 978-7-03-055120-7）
He San-An, Yi Ting-Shuang, Pei Sheng-Ji, Huang Hong-Wen, 2013. Crop plants and their wild relatives. In: Hong De-Yuan and Stephen Blackmore (eds.), Plants of China, A companion to the Flora of China. Science Press, Beijing, pp. 309–323. (ISBN 978-7-03-038574-1)
Yi Ting-Shuang, Morell L. Peter, Pei Sheng-Ji, He Shan-Aan, 2013. Major introduced economic plants. In: Hong De-Yuan and Stephen Blackmor (eds.), Plants of China, A companion to the Flora of China. Science Press, Beijing, pp. 357–382. (ISBN 978-7-03-038574-1)
李德铢等编，2012. 植物系统学Plant Systematics: A Phylogentic Approach. 北京：高等教育出版社。pp. 305-409.







发表主要论文（1）Plastid phylogenomic insights into the evolution of Caryophyllales,Molecular Phylogenetics and Evolution,2019,通讯作者
（2）PGA: a software package for rapid, accurate, and flexible batch annotation of plastomes,Plant Methods,2019,通讯作者
（3）Origin of angiosperms and the puzzle of the Jurassic gap,Nature Plants,2019,第1作者
（4）Plastid Genome Evolution in the Early-Diverging Legume Subfamily Cercidoideae (Fabaceae),Frontiers in Plant Science,2018,通讯作者
（5）Plastome Phylogenetics: 30 Years of Inferences Into Plant Evolution.,Advances in Botanical Research,2018,第3作者
（6）Plastome characteristics of Cannabaceae,Plant Diversity,2018,通讯作者
（7）GetOrganelle: a simple and fast pipeline for de novo assembly of a complete circular chloroplast genome using genome skimming data,bioRxiv,2018,通讯作者
（8）Evolution of Rosaceae fruit types based on nuclear phylogeny in the context of geological times and genome duplication,Molecular Biology and Evolution,2017,第6作者
（9）A new subfamily classification of the Leguminosae based on a taxonomically comprehensive phylogeny,Taxon,2017,其他（合作组作者）
（10）The chloroplast genome of a rare and an endangered species Salweenia bou?ordiana (Leguminosae) in China,Conservation Genetics Resources,2017,第2作者
（11）Evolution of biogeographic disjunction between eastern Asia and North America in Chamaecyparis: Insights from ecological niche models,Plant diversity,2017,通讯作者
（12）he complete chloroplast genomes of Adenolobus garipensis and Cercis glabra (Cercidoideae, Fabaceae),Coservation Genetics Resources,2017,通讯作者
（13）Plastomes of Mimosoideae: structural and size variation, sequence divergence, and phylogenetic implication,Tree Genetics & Genomes,2017,通讯作者
（14）Phylogeny and biogeography of the amphi-Pacific genus Aphananthe,PLoS ONE,2017,通讯作者
（15）Multiple measures could alleviate long-branch attraction in phylogenomic reconstruction of Cupressoideae (Cupressaceae),Scientific Reports,2017,通讯作者
（16）Insights into the existence of isomeric plastomes in Cupressoideae (Cupressaceae),Genome Biology and Evolution,2017,通讯作者
（17）Diversification of Rosaceae since the Late Cretaceous based on plastid phylogenomics,New Phytologist,2017,通讯作者
（18）Nuclear genetic variation of Rosa odorata var. gigantea (Rosaceae): population structure and conservation implications.,Tree Genetics & Genomes,2016,通讯作者
（19）Phylogenomic analyses of large-scale nuclear genes provide new insights into the evolutionary relationships within the rosids.,Molecular Phylogenetics and Evolution,2016,第5作者
（20）Environmental and Historical Determinants of Patterns of Genetic Differentiation in Wild Soybean (Glycine soja Sieb. et Zucc),Scientific Reports,2016,通讯作者
（21）Phylogenetic relationships, character evolution and biogeographic diversification of Pogostemon s.l. (Lamiaceae).,Molecular Phylogenetics and Evolution,2016,第3作者
（22）Nucleotide Sequence Diversity and Linkage Disequilibrium of four nuclear loci in Foxtail Millet (Setaria italica),Plos One,2015,通讯作者
（23）Evolution and divergence of SBP-box genes in land plants.,Evolution and divergence of SBP-box genes in land plants.,2015,第3作者
（24）Chloroplast capture and intra- and inter- continental biogeographic diversification in the Asian - New World disjunct plant genus Osmorhiza (Apiaceae),Molecular Phylogenetics and Evolution,2015,第1作者
（25）The population genetic structure and diversification of Aristolochia delavayi (Aristolochiaceae), an endangered species of the dry hot valleys of the Jinsha River, southwestern China.,Botany-Botanique,2014,第2作者
（26）Lineage diversification and hybridization in the Cayratia japonica–Cayratia tenuifolia species complex,Molecular Phylogenetics and Evolution,2014,第3作者
（27）Biogeographic history of Pistacia (Anacardiaceae), emphasizing the evolution of the Madrean-Tethyan and the eastern Asian-Tethyan disjunctions,Molecular Phylogenetics and Evolution,2014,通讯作者
（28）构建基于磁珠微流控芯片的iFlora遗传信息高效获取系统,植物分类与资源学报,2013,第2作者
（29）Metabarcoding技术在植物鉴定和多样性研究中的应用,植物分类与资源学报,2013,第2作者
（30）Complete Sequencing of Five Araliaceae Chloroplast Genomes and the Phylogenetic Implications,Plos One,2013,通讯作者
（31）The Relationships between Chemical and Genetic Differentiation and Environmental Factors across the Distribution of Erigeron breviscapus (Asteraceae),Plos One,2013,通讯作者
（32）Molecular phylogeny of the nettle family (Urticaceae) inferred from multiple loci of three genomes and extensive generic sampling,Molecular Phylogenetics and Evolution,2013,通讯作者
（33）Molecular phylogenetics and character evolution of Cannabaceae,Taxon,2013,通讯作者
（34）Conservation genetics and population diversity of Erigeron breviscapus (Asteraceae), and important Chinese herb,Biochemical Systematics and Ecology,2013,通讯作者
（35）关于iFlora 创建工作框架的建,A Proposed Framework for iFlora*,植物分类与资源学报,2012,第4作者
（36）中国植物志、Flora of China 和维管植物新系统中科的比,A Comparison of Classifications of Families of Chinese Vascular,植物分类与资源学报,2012,通讯作者
（37）新一代植物志: iFlora,The Next Generation Flora: iFlora,植物分类与资源学报,2012,通讯作者
（38）遗传信息及其获取技术与iFlora,Genetic Information and Technologies Related to iFlora,植物分类与资源学报,2012,第4作者
（39）Genetic Diversity and Population Structure: Implications for Conservation of Wild Soybean (Glycine soja Sieb. et Zucc) Based on Nuclear and Chloroplast Microsatellite Variation,International Journal of Molecular Sciences,2012,通讯作者
（40）Is Remusatia (Araceae) monophyletic Evidence from three plastid regions,International Journal of Molecular Sciences,2012,第2作者
（41）Multi-gene analysis provides a well-supported phylogeny of Rosales,Molecular Phylogenetics and Evolution,2011,通讯作者
（42）Secondary Metabolites from Glycine soja and Their Growth Inhibitory Effect against Spodoptera litura.,Journal of Agricultural and Food Chemistr,2011,第3作者
（43）Untangling the hybrid origin of the ancient Chinese tea roses: Evidence from DNA sequences of single-copy nuclear and chloroplast genes,Plant Systematics and Evolution,2011,通讯作者
（44）Biogeographic Disjunction between Eastern Asia and North America in the Maidenhair Fern Adiantum pedatum Complex,American Journal of Botany ,2011,第4作者
（45）Evolution and biogeographic diversification of the witch-hazel genus (Hamamelis L., Hamamelidaceae) in the Northern Hemisphere, Molecular phylogenetics and Evolution ,2010,通讯作者
（46）Karyological studies of Erigeron breviscapus and related species,Caryologia,2010,第3作者
（47）Development and characterization of microsatellite loci for Rosa odorata var. gigantea Rehder and E. H. Wilson Rosaceae,Conservation Genetics,2009,通讯作者
（48）Phylogenetics of Pistacia (Anacardiaceae) inferred from multiple molecular data sets,American Journal of Botany,2008,第1作者
（49）Phylogenetic inferences in Prunus (Rosaceae) using chloroplast ndhF and nuclear ribosomal ITS sequences,Journal of Systematics and Evolution,2008,通讯作者
（50）The phylogeny of Rhus (Anacardiaceae) based on sequences of nuclear NIA-i3 intron and chloroplast trnC-D suggests reticulate evolution,Systematic Botany,2007,第1作者
（51）Phylogeny of Nolana (Nolaneae, Solanoideae, Solanaceae) as inferred from granule-bound starch synthase I (GBSSI) sequences.,Taxon ,2007,第4作者
（52）Chromosome studies on the genus Pinellia (Araceae),Botanical Journal of the Linnean Society,2005,第1作者
（53）Phylogenetic and Biogeographic diversification of Rhus (Anacardiaceae) in the Northern Hemisphere,Molecular and Phylogenetic Evolution,2004,第1作者
（54）Chromosomal evolution in Araliaceae and close relatives,Taxon,2004,第1作者

发表著作（1）植物系统学,Plant Systematics,高等教育出版社,2012-07,第5作者
（2）Crop plants and their wild relatives,Science Press, Beijing,2013-10,第2作者
（3）Major introduced economic plants.,Science Press, Beijing,2013-10,第1作者
（4）蕈树科Altingiaceae. 见：李德铢等编，中国维管植物科属词典,科学出版社,2018-01,第1作者
（5）蔷薇科Rosaceae. 见：李德铢等编，中国维管植物科属词典,科学出版社,2018-01,第2作者
（6）鼠李科Rhamnaceae. 见：李德铢等编，中国维管植物科属词典,科学出版社,2018-01,第2作者
（7）榆科Ulmaceae. 见：李德铢等编，中国维管植物科属词典,科学出版社,2018-01,第2作者
（8）景天科Crassulaceae. 见：李德铢等编，中国维管植物科属词典,科学出版社,2018-01,第1作者
（9）桑科Moraceae. 见：李德铢等编，中国维管植物科属词典,科学出版社,2018-01,第2作者
（10）茶藨子科 Grossulariaceae. 见：李德铢等编，中国维管植物科属词典,科学出版社,2018-01,第1作者
（11）金缕梅科Hamamelidaceae. 见：李德铢等编，中国维管植物科属词典,科学出版社,2018-01,第1作者
（12）交让木科Daphniphyllaceae. 见：李德铢等编，中国维管植物科属词典,科学出版社,2018-01,第1作者
（13）芍药科Paeoniaceae. 见：李德铢等编，中国维管植物科属词典,科学出版社,2018-01,第1作者
（14）小二仙草科Haloragaceae. 见：李德铢等编，中国维管植物科属词典,科学出版社,2018-01,第1作者
（15）大麻科 Cannabaceae. 见：李德铢等编，中国维管植物科属词典,科学出版社,2018-01,第1作者


科研活动




植物分子系统与进化研究组
植物分子系统与进化研究组是在中国科学院昆明植物所海外引进人才启动项目资助下，由伊廷双博士于2006年组建的研究团队。团队立足于我国西南山地丰富的生物多样性，依托国家大科学装置中国西南野生生物种质资源库，以国家重大战略需求和国际科学前沿为导向，开展植物分子系统发育和多样性、”iFlora”平台构建研究。与本所同事首次提出新一代“iFlora”（智能植物志）的发展目标（集成现代植物科学、DNA测序、超算和云计算等技术、现代信息化手段和技术，构建综合数据库平台，率先制定植物的国际综合识别和评价标准），列为研究所的三个重大突破目标之一，希望能够引领植物科学数字化发展方向，为国家和科研服务。开展种子植物，尤其是固氮分支的分子系统发育重建，物种多样化研究，在蔷薇科等类群的系统发育重建，北温带间断分布格局形成历史方面有重要贡献。主持国家自然科学基金重点国际（地区）合作研究项目等10余项研究项目，参加国家重大科学研究计划、国家自然科学基金重点项目、科技基础性工作专项重点项目等10余项研究项目。在Molecular Biology and Evolution, New Phytologist, Molecular Phylogenetics and Evolution, Scientific Reports, American Journal of Botany, Taxon等本领域主流期刊发表研究论文50余篇；参加编写专著2部，译著1部。

1. 植物系统发育基因组学
利用核、叶绿体和线粒体系统发育基因组学方法重建种子植物的生命之树，揭示主要支系和属种的分类范畴，系统发育关系，并在系统发育框架下探讨基因组的进化机制。
蔷薇科包括约90属3000种，全球广布，具有多种世界最具经济价值的水果，如苹果、梨、桃、李、杏、樱桃、山楂，以及著名花卉如玫瑰、月季、梅花。植物学家对蔷薇科开展了大量分类和系统关系的研究，但由于频繁的杂交，孤雌生殖和可能的快速辐射分化等因素的影响，该科的亚科、族、属分类范畴仍存在很大争议，主要分支间系统发育关系难以解析，是系统发育重建最困难的植物类群之一。与中国科学院昆明植物研究所李德铢教授研究组和复旦大学马红教授研究组合作，利用叶绿体基因组和转录组数据重建了蔷薇科系统发育树，成功解析了蔷薇科各亚科、族和属间系统发育关系。基于这棵高支持率、高分辨率的系统发育树，重建果实类型的演化历史和基因组加倍事件。主要结论包括：1）在叶绿体系统发育基因组学研究中，序列的比对质量和模型选择对于正确解析类群间系统发育关系至关重要；2）蔷薇科亚科、族和大部分属间系统发育关系获得解析并被很好支持；3）果实类型祖先状态重建表明肉质果实由干果演化而来，核果和梨果由蓇葖果演化而来，聚合核果由瘦果演化而来；4）全基因组加倍、包括传播果实的动物等环境因子促进了果实类型的演化。该研究为解析困难类群的系统发育关系提供了又一个典型案例，对揭示植物类群性状的起源和演化具有重要的科学意义，进一步研究蔷薇科进化问题打下了坚实的基础。研究结果发表于学科重要国际期刊New Phytologist和Molecular Biology and Evolution上。
柏科包含32属大约140种，世界范围分布。最近的分子系统学研究将柏科分为7个亚科。柏亚科是柏科最大的一个亚科，包含13属大约100种。柏亚科物种在北半球森林中是非常重要的，有许多建群种和优势种，许多种是重要的木材。柏亚科属间系统关系大部分已经被解析，但三分支Juniperus（J）、Cupressus（C）和Hesperocyparis-Callitropsis-Xanthocyparis（HCX）之间的系统关系有很长时间争论。与中国科学院昆明植物研究所李德铢研究组和台湾中央研究院生物多样性研究中心的赵淑妙研究组合作，基于22个物种的叶绿体基因组数据重建了柏亚科系统发育关系并探讨了叶绿体基因组结构进化。研究结果如下：利用叶绿体蛋白编码基因构建的矩阵进行系统发育重建，初步揭示了J和C两个分支具有比分支HCX更长的枝长。分化时间估算表明三分支在短时间内（1.15 My）快速分化，分支间短枝长和分支的长枝长容易造成长枝吸引现象，可能是导致三分支系统发育关系难以解析的主要原因。（2）通过移除比对不可靠的区域、删除替换饱和基因以及去除快速演化位点这三种数据矩阵过滤方法能够显著的缩短分支J和C的枝长，并且支持J（C，HCX）。运用溯祖系统发育重建方法能够有效减轻长枝吸引，也获得J（C，HCX）。一些对其它类群有效减轻长枝吸引影响的方法并不适用于柏亚科三分支。研究结果说明，减轻系统发育重建中长枝吸引影响时，不同的类群需要综合考虑和评判不同的方法。三分支系统关系的解决为研究困难类群系统发育关系提供了范例和思路。该研究发表在Scientific Reports上。柏亚科叶绿体基因组具有多样化的结构变异，是探讨叶绿体基因组结构变异演化模式以及相关驱动因素的好材料。柏亚科叶绿体基因组的结构变异进行了深入研究结果如下：半定量PCR和读长比对共同验证了柏亚科已测10种有8种共存同分异构体，推测是反向重复序列trnQ-IR通过同源重组方式介导产生的。在翠柏Calocedrus macrolepis中发现一种新的同分异构类型，可能是由11 bp的反向重复序列通过同源重组方式介导产生的。柏亚科4个种9个居群176个个体中检测到同分异构体的存在。研究结果说明，同分异构体的普遍共存以及同分异构主要和次要构型之间相对含量的转变，共同促进了柏亚科叶绿体基因组结构变异的多样化。柏亚科同分异构叶绿体基因组的研究扩展了人们对于植物中叶绿体基因组结构变异的认识。该研究发表在Genome Biology and Evolution.
豆科是被子植物第三大科，约有765属19500种。豆科植物世界广布，形态和生活型高度多样。豆科的经济价值仅次于禾本科，但豆类植物是人类最重要的植物蛋白质来源，在某些贫困地区甚至是唯一的蛋白质来源。豆科植物中约88%的种具有根瘤固氮功能，为农业和自然生态系统提供了重要生物氮。传统上豆科被划分为三亚科，即云实亚科（苏木亚科），含羞草亚科和蝶形花亚科乃至三个独立的科，并被广泛接受和认可。与国际豆科系统发育工作组（Legume Phylogeny Working Group，即LPWG）合作基于叶绿体matK序列数据，构建了一棵迄今为止取样最全（约91%的属和20%的种）的豆科系统发育树，并结合形态证据，提出了六个亚科的新分类系统。新的分类系统对豆科分类学、基因组学、发育生物学和进化生物学研究将会产生重要影响。该研究发表在学科重要国际期刊Taxon上。豆科是被子植物叶绿体基因组经历重大结构变化的几个分支之一。先前的研究由于取样有限，一般认为结构变化主要发生在原蝶形花亚科中，原云实亚科和含羞草亚科的叶绿体基因组和大多数其它被子植物一样具有保守的结构。与中国科学院昆明植物研究所李德铢研究组和王红研究组合作，对原含羞草亚科三个族14属14种的叶绿体进行了深入的研究，结果表明：1）先前被报道的反转重复序列（IR）往小单拷贝区（SSC）13 kb的扩张广泛存在印加族和狭义金合欢属，并且是这两个类群构成的分支的共衍征；2）一些种的IR在大单拷贝区（LSC）一端经历了扩张和收缩，clpP基因发生了复制和内含子的丢失以及rps18基因发生了反转等；3）基因从单拷贝区转移到IR区后，替换速率显著下降。此外，还发现含羞草分支区段的序列分化有很大的差异，叶绿体基因组能有效解决含羞草分支的系统发育关系。该研究为进一步研究含羞草分支乃至整个豆科系统发育基因组学提供了重要基础。研究结果发表在Tree Genetics & Genomes上。
2. 植物多样化形成和维持机制
根据构建的系统发育树，结合古地质、古气候和化石证据推断类群的起源、分化和现在分布格局形成的历史；研究物种多样化的限制和驱动因子；探讨植物性状演化式样。
研究组针对北温带间断的多个类群开展分子系统和生物地理学研究。利用多个核基因和叶绿体基因片段构建系统发育树，结合化石、古地质和古气候资料，推断每个类群的起源中心，起源和分化时间，迁移扩散路线；研究属下不同间断分布区分子进化速率和物种多样性的关系；比较蕨类植物和种子植物，温带、亚热带和热带类群间断分布格局成因的差异；比较属下不同间断分布区分子进化速率的差异；探讨影响这些类群间断分布格局形成及分支间断后演化式样的关键古地质和古气候限制性因子。新增比较谱系地理学和生态位建模研究用于解决地理、地质和气候因子对间断分支物种分化、分布和多样性的影响。有十余项研究成果发表在Molecular phylogenetics and evolution, American Journal of Botany等国际核心期刊上，将为解决北温带间断地理分布格局形成原因和疑难问题提供新的研究思路和方法。
对蔷薇科开展叶绿体系统发育多样性研究，利用叶绿体基因组重建了蔷薇科系统发育树，成功解析了蔷薇科各亚科、族和属间系统发育关系。基于这棵高支持率、高分辨率的系统发育树，估算了蔷薇科及其主要分支的起源和分化时间，推断了古气候对蔷薇科主要分支多样化的影响。主要结论包括：1）蔷薇科起源于晚白垩纪，之后经历了多次的多样化速率的变化；2）亚科和族的快速多样化发生在晚白垩纪的温暖湿润的环境中，而从早渐新世以来属的多样化发生在干冷的环境中。该研究对于揭示蔷薇科的起源与多样化具有重要的科学意义，对进一步研究该类群进化问题打下了坚实的基础。研究结果以“Diversification of Rosaceae since the Late Cretaceous based on plastid phylogenomics”为题，发表于植物学领域前5%的学术期刊New Phytologist上。
3. 智能植物志“iFlora”
在生物资源严重短缺、生物多样性下降、生态环境极其脆弱、生态安全形势严峻的情况下，如何实现物种快速准确识别进而客观评价和应用成为世界性的新挑战。与中国科学院昆明植物研究所同行审慎分析当代植物科学发展趋势，首次提出新一代“iFlora”（智能植物志）的概念（集成现代植物科学、DNA测序、超算和云计算等技术、现代信息化手段和技术，构建综合数据库平台，率先制定植物的国际综合识别和评价标准）。iFlora已经列为研究所“十二五”的重大突破目标，希望能够引领植物科学数字化发展方向，为国家和科研服务。










科研项目（ 1 ）  iFlora交叉与合作团队, 主持,部委级,2013-01--2015-12
（ 2 ） 大麻科分子系统发育和多样化时空格局重建, 主持,国家级,2013-01--2016-12
（ 3 ） 西南山地典型生态系统植物多样性对气候变化的响应, 参与,国家级,2014-01--2017-11
（ 4 ） 非洲资源植物种子库建设, 主持,国家级,2013-01--2015-12
（ 5 ） 《中国植物志》的数字化和DNA条形码, 参与,国家级,2013-01--2017-12
（ 6 ） 云南省中青年学术技术带头人后备人才, 主持,省级,2011-01--2015-12
（ 7 ） 东亚-北美间断植物类群的分子系统学和生物地理学, 主持,国家级,2012-01--2015-12
（ 8 ） 三个重要药用类群DNA条形码鉴定系统构建, 主持,研究所（学校）,2016-05--2017-05
（ 9 ） 《肯尼亚植物志》中蔷薇目（Rosales）等类群植物的分类研究和志书编写, 参与,部委级,2016-01--2020-12
（ 10 ） 三个重要植物类群DNA条形码鉴定系统构建。环境保护部-生物多样性保护专项, 主持,研究所（学校）,2017-05--2018-05
（ 11 ） 维管植物系统框架重建与APG系统修订, 主持,部委级,2018-01--2022-12
（ 12 ） 蔷薇目全球多样化时空格局重建, 主持,国家级,2018-01--2022-12
（ 13 ） 生物多样性的演化历史与格局, 主持,部委级,2017-07--2018-07
（ 14 ） 西南山地种子植物多样性分布格局和成因, 主持,部委级,2018-07--2023-06

参与会议（1）Plastid Phylogenomic Insights into Deep Relationships of Leguminosae with Conflicting Signals on Some Nodes2019-05-06
（2）Plastid phylogenomic insights into the evolution of legumes山东植物学会第十五届会员代表大会暨学术研讨会2018-12-20
（3）Plastid phylogenomic insights into the evolution of Caryophyllales第三届全国生物系统学学术论坛2018-12-08
（4）Plastid phylogenomic insights into the evolution of legumes. 7th International Legume Conference2018-08-29
（5）Plastid phylogenomic insights into the evolution of Caryophyllales2018-07-20
（6）Sino-Latin America Symposium on plant biodiversity2017-11-06
（7）Plastid phylogenomics reveals deep relationships of Leguminosae2017-07-23
（8）Plastid phylogenomics resolve difficult phylogenetic relationships of angiosperms2016-10-19
（9）Born Migrators: Historical Biogeography of Cosmopolitan Family Cannabaceae.Tingshuang Yi2016-05-05
（10）Chloroplast capture and genetic diversification in Osmorhiza (Apiaceae)Tingshuang Yi, Guihua Jin, Jun Wen2013-10-27


合作情况

Collaborator:
De-Zhu Li,Germplasm Bank of Wild Species, Kunming Institute of Botany, Chinese Academy of Sciences.
Jun Wen,Department of Botany, National Museum of Natural History.
Mark W. Chase, Science Directorate, Royal Botanic Gardens.
Douglas E. Soltis,Florida Museum of Natural History, University of Florida.
Pamela S. Soltis,Florida Museum of Natural History, University of Florida.
Stephen A. Smith,Department of Ecology and Evolutionary Biology and Department of Computational Medicine and Bioinformatics, University of Michigan.
Michael J. Moore,Department of Biology, Oberlin College
Peter W. Fritsch,Botanical Research Institute of Texas.
The current collaborative projects:
1. Collaborate withDouglas E. Soltis,Pamela S. Soltis, Robert P. Guralnick, Ryan A. Folk fromUniversity of Floridaon “The global diversification of Rosales in space and time”,the National Natural Science Foundation of China, key international (regional) cooperative research project(No. ).
2. Collaborate withPamela S. Soltis and Douglas Soltis (University of Florida), Mark Chase (Royal Botanic Garden, Kew), Hong Ma (Pennsylvania State University) on “Reconstruction of phylogenetic framework of vascular plants and revision of the APG system”,The Large-scale Scientific Facilities of the Chinese Academy of Sciences (No. 2017-LSF-GBOWS-02).
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项目协作单位

指导学生已指导学生
李翔硕士研究生071010-生物化学与分子生物学
金桂花硕士研究生071010-生物化学与分子生物学
贺水莲博士研究生071001-植物学
杨美青博士研究生071001-植物学
刘萍硕士研究生071010-生物化学与分子生物学
曲小健博士研究生071010-生物化学与分子生物学
金建军博士研究生071010-生物化学与分子生物学
王银环博士研究生071001-植物学
吴佳瑾硕士研究生085238-生物工程
张焕雷硕士研究生071010-生物化学与分子生物学
现指导学生
张荣博士研究生071001-植物学
金冬敏硕士研究生071010-生物化学与分子生物学
杨莹莹博士研究生071001-植物学
甘露硕士研究生071001-植物学
刘水银博士研究生071010-生物化学与分子生物学
田琴博士研究生071010-生物化学与分子生物学
朱光福硕士研究生085238-生物工程