基本信息
王勇男博导中国科学院数学与系统科学研究院
电子邮件： ywang@amss.ac.cn
通信地址： 北京市海淀区中关村东路55号
邮政编码： 100190
实验室主页： http://wanglab.amss.ac.cn

研究领域最优化理论与算法
生物信息学
系统生物学
统计学习
运筹学理论与应用
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招生信息
招生专业070105-运筹学与控制论
071400-统计学
081203-计算机应用技术

招生方向最优化理论与算法，系统生物学，大数据建模
统计学习，生物医学统计，大数据分析建模
生物信息学


教育背景2002-09--2005-05中国科学院数学与系统科学研究院博士
1999-09--2002-09大连理工大学应用数学系硕士
1995-09--1999-09内蒙古大学数学系本科

学历-- 研究生


学位 -- 博士


工作经历
工作简历2017-02~现在,中国科学院数学与系统科学研究院应用数学研究所,研究员
2012-11~2016-02,美国斯坦福大学,访问
2010-10~2011-04,日本产业技术综合研究所计算生物研究中心,特别研究员
2010-04~2017-02,中国科学院数学与系统科学研究院应用数学研究所,副研究员
2007-09~2008-09,美国波士顿大学,访问
2007-06~2010-03,中国科学院数学与系统科学研究院应用数学研究所,助理研究员
2005-10~2007-03,日本大阪产业大学电子情报通信系,日本文部省奖学金资助博士后
2005-05~2007-06,国家信息中心,博士后

社会兼职2012-08-31-2020-12-31,中国运筹学会副秘书长, 副秘书长
2011-08-28-2018-12-28,中国运筹学会计算系统生物学分会, 秘书长


教授课程数据分析与优化建模
计算基因组学
生物信息学与计算系统生物学
生物信息学与系统生物学


专利与奖励
奖励信息（1） 中国科学院数学与系统科学研究院突出科研成果奖, 特等奖, 研究所（学校）, 2016
（2） 第21届国际基因组信息学大会(GIW 2010)最佳张贴论文奖, 特等奖, 其他, 2010
（3） 中国科学院数学与系统科学研究院突出科研成果奖, 特等奖, 研究所（学校）, 2008
（4） 中国科学院数学与系统科学研究院院长奖学金特等奖, 特等奖, 研究所（学校）, 2004

专利成果（ 1 ） 基于生物医学大数据的生物标记物组合识别方法和系统, 发明, 2017, 第 1 作者, 专利号: 4X
（ 2 ） 一种在高维数据中快速识别特征组合的方法及系统, 发明, 2016, 第 1 作者, 专利号: 20**
（ 3 ） 一种预测药物的蛋白质相互作用靶点的方法和系统, 发明, 2015, 第 2 作者, 专利号: 20**
（ 4 ） 一种药物的长非编码RNA靶点预测方法和系统, 发明, 2016, 第 2 作者, 专利号: 20**


出版信息
发表论文（1）Modeling gene regulation from paired expression and chromatin accessibility data,Modeling gene regulation from paired expression and chromatin accessibility data,PNAS,2017,通讯作者
（2）Models of global gene expression define major 1 domains of cell type and tissue identity,Models of global gene expression define major 1 domains of cell type and tissue identity,Nucleic Acids Research,2017,第10作者
（3）Drosophila TRF2 and TAF9 regulate lipid droplet size and phospholipid fatty acid composition,Drosophila TRF2 and TAF9 regulate lipid droplet size and phospholipid fatty acid composition,PLoS Genetics,2017,第7作者
（4）A Novel Dual Eigen-Analysis of Mouse Multi-Tissues’ Expression Profiles Unveils New Perspectives into Type 2 Diabetes,A Novel Dual Eigen-Analysis of Mouse Multi-Tissues’ Expression Profiles Unveils New Perspectives into Type 2 Diabetes,Scientific Report,2017,第4作者
（5）Modeling the causal regulatory network by integrating chromatin accessibility and transcriptome data,Modeling the causal regulatory network by integrating chromatin accessibility and transcriptome data,National Science Review,2016,第1作者
（6）Identifying joint biomarker panel from multiple level dataset by an optimization model,Identifying joint biomarker panel from multiple level dataset by an optimization model,Biomarkers in Medicine,2016,通讯作者
（7）A systematic method to identify modulation of transcriptional regulation via chromatin activity reveals regulatory network during mESC differentiation,A systematic method to identify modulation of transcriptional regulation via chromatin activity reveals regulatory network during mESC differentiation,Scientific Report,2016,通讯作者
（8）An extended particle swarm optimization method for folding protein on triangle lattice,An extended particle swarm optimization method for folding protein on triangle lattice,IET Systems Biology,2016,第4作者
（9）Simultaneous dimension reduction and adjustment for confounding variation,Simultaneous dimension reduction and adjustment for confounding variation,PNAS,2016,第6作者
（10）Computational probing protein–protein interactions targeting small molecules,Computational probing protein–protein interactions targeting small molecules,Bioinformatics,2016,通讯作者
（11）NCC-AUC: an AUC optimization method to identify multi-biomarker panel for cancer prognosis from genomic and clinical data,NCC-AUC: an AUC optimization method to identify multi-biomarker panel for cancer prognosis from genomic and clinical data,Bioinformatics,2015,通讯作者
（12）A novel mixed integer programming for multi-biomarker panel identification by distinguishing malignant from benign colorectal tumors,A novel mixed integer programming for multi-biomarker panel identification by distinguishing malignant from benign colorectal tumors,Methods,2015,通讯作者
（13）Identifying network biomarkers based on protein-protein interactions and expression data,Identifying network biomarkers based on protein-protein interactions and expression data,BMC Medical Genomics,2015,通讯作者
（14）Development of serum parameters panels for the early detection of pancreatic cancer,Development of serum parameters panels for the early detection of pancreatic cancer,International Journal of Cancer,2014,通讯作者
（15）Network predicting drug anatomical therapeutic chemical code,Bioinformatics,2013,通讯作者
（16）ellipsoidFN: a tool for identifying a heterogeneous set of cancer biomarkers based on gene expressions,Nucleic Acids Research,2013,第1作者
（17）Network-Based Drug Repositioning,Mol. BioSyst.,2013,通讯作者
（18）iPcc: a novel feature extraction method for accurate disease class discovery and prediction.,Nucleic Acids Research,2013,第1作者
（19）A New Framework for Repositioning Drugs by Incorporating Various Functional Information,IET Systems Biology,2013,通讯作者
（20）Bioinformatics studies on induced pluripotent stem cell,Current Bioinformatics,2013,第1作者
（21）Revealing metabolite biomarkers for acupuncture treatment by linear programming based feature selection,BMC Systems Biology,2012,第1作者
（22）A unified computational model for revealing and predicting subtle subtypes of cancers,BMC Bioinformatics,2012,通讯作者
（23）A combinatorial model and algorithm for globally searching community structure in complex networks,Journal of Combinatorial Optimization,2012,通讯作者
（24）Community structure detection based on Potts model and network spectral characterization,Europhysics Letters,2012,第2作者
（25）A combinatorial model and algorithm for globally searching community structure in complex networks,Journal of Combinatorial Optimization,2010,第4作者
（26）Network-based analysis of complex,IET Systems Biology,2010,第2作者
（27）Prediction of protein-RNA binding sites by a random forest method with combined features,Bioinformatics,2010,第3作者
（28）Identifying dysfunctional crosstalk of pathways in various regions of Alzheimer disease brains,BMC Systems Biology,2010,第2作者
（29）Computationally probing drug-protein interactions via support vector machine,Letters In Drug Design and Discovery,2010,第3作者
（30）SANA: an algorithm for sequential and non-sequential protein structure alignment,Amino Acid,2010,第3作者
（31）Protein evolution in yeast transcription factor subnetworks,Nucleic Acids Research,2010,第1作者
（32）Optimization meets systems biology,BMC Systems Biology,2010,第1作者
（33）Identifying translation initiation sites in prokaryotes using support vector machine,Journal of Theoretical Biology,2010,第3作者
（34）A Linear Programming Framework for Inferring Gene Regulatory Networks by Integrating Heterogeneous Data,Chapter XIX in Computational Methodologies in Gene Regulatory Networks,2009,第1作者
（35）Evaluating protein similarity from coarse structures,IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics,2009,第1作者
（36）Predicting eukaryotic transcriptional cooperativity by Bayesian network integration of genome-wide data,Nucleic Acids Research,2009,第1作者
（37）A network biology study on circadian rhythm by integrating various omics data,OMICS: A Journal of Integrative Biology,2009,第1作者
（38）Analysis on multi-domain cooperation for predicting protein-protein interactions,BMC Bioinformatics,2008,第2作者
（39）Inferring transcriptional regulatory networks from high-throughput data,Bioinformatics,2007,第1作者
（40）Supervised Inference of Gene Regulatory Networks by Linear Programming,Lecture Notes in Bioinformatics,2006,第1作者
（41）Inferring gene regulatory networks from multiple microarray datasets,Bioinformatics,2006,第1作者
（42）Exploring protein optimal HP configurations by self-organizing mapping,Journal of Bioinformatics and Computational Biology,2005,第2作者
（43）
（44）
（45）
（46）
（47）
（48）
（49）
（50）
（51）

发表著作

科研活动
科研项目（ 1 ） 基因调控网络重建中的优化模型和算法研究, 主持,国家级,2009-01--2010-12
（ 2 ） 基因调控网络研究, 主持,国家级,2011-01--2011-12
（ 3 ） 基于条件随机场的生物信息学研究, 参与,国家级,2010-01--2011-12
（ 4 ） 最优化方法在信息技术中的应用, 参与,国家级,2009-01--2011-12
（ 5 ） 诱导多能干细胞的生物信息学研究, 主持,国家级,2012-01--2015-12
（ 6 ） 生物医学大数据的数学建模, 主持,国家级,2015-01--2017-12
（ 7 ） 动物复杂性状的进化解析与调控, 主持,部委级,2014-12--2018-09
（ 8 ） 网络化知识的基础理论与应用, 参与,国家级,2017-01--2022-12
（ 9 ） 集成染色质状态和表达数据的基因调控网络建模, 主持,国家级,2017-01--2020-12
（ 10 ） 复杂网络的最优化方法及在系统生物学的应用, 参与,国家级,2012-01--2016-12

参与会议（1）Predicting protein-protein interaction networkYong Wang2010-05-11


合作情况
项目协作单位

指导学生已指导学生
张朝昱**
都仁扎那**
现指导学生
苑秋月 **
陈浪**
信晶雪**
冯占营 **
周万鹏**