基本信息
万晓华女硕导中国科学院计算技术研究所
电子邮件： wanxiaohua@ict.ac.cn
通信地址： 北京市海淀区科学院南路6号
邮政编码：

研究领域

招生信息
招生专业081201-计算机系统结构

招生方向生物信息
高性能计算
图像处理


教育背景2008-09--2012-06中国科学院计算技术研究所博士

学历
学位

工作经历
工作简历2015-09~现在,中国科学院计算技术研究所,副研究员
2012-12~2014-09,美国加州大学圣地亚哥分校UCSD,博士后访问
2012-07~2015-08,中国科学院计算技术研究所,助理研究员
2008-09~2012-06,中国科学院计算技术研究所,博士

社会兼职2016-10-10-今,CCF生物信息专委会, 委员


教授课程

专利与奖励
奖励信息（1） 中科院青年创新促进会成员, 一等奖, 院级, 2015
（2） 中科院计算技术研究所优秀研究人员, 一等奖, 研究所（学校）, 2014
（3） 中科院计算技术研究所“学术百星”, 一等奖, 研究所（学校）, 2013
（4） 中科院院长奖学金, 一等奖, 院级, 2012
（5） 中科院计算技术研究所优秀论文, 二等奖, 研究所（学校）, 2011
（6） 中科院计算技术研究所所长奖学金, 特等奖, 研究所（学校）, 2011

专利成果

出版信息
发表论文（1）Classifying Mixed Patterns of Proteins in High-throughput Microscopy Images Using Deep Neural Networks,2019 International Conference on Intelligent Computing,2019,第11作者
（2）Analysis of Codon Usage Patterns in Citrus Based on Coding Sequence Data,15th International Symposium on Bioinformatics Research and Applications (ISBRA),2019,第11作者
（3）Fiducial marker detection via deep learning approach for electron tomography,2018 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM),2018,第3作者
（4）ICON-MIC: Implementing a CPU/MIC Collaboration Parallel Framework for ICON on Tianhe-2 Supercomputer,Journal of Computational Biology,2018,第5作者
（5）AuTom-dualx: a toolkit for fully automatic ?ducial marker-based alignment of dual-axis tilt series with simultaneous reconstruction,Bioinformatics,2018,第2作者
（6）Mmalloc: A Dynamic Memory Management on Many-core Coprocessor for the Acceleration of Storage-intensive Bioinformatics Application,IEEE International Conference on Bioinformatics & Biomedicine (BIBM2018),2018,第5作者
（7）Electron tomography simulator with realistic 3D phantom for evaluation of acquisition, alignment and reconstruction methods,Journal of Structural Biology,2017,第1作者
（8）AuTom: A novel automatic platform for electron tomography reconstruction,Journal of Structural Biology,2017,第1作者
（9）A Two-phase Improved Correlation Method for Automatic Particle Selection in Cryo-EM,IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics,2017,第11作者
（10）3D reconstruction of biological structures: automated procedures for alignment and reconstruction of multiple tilt series in electron tomography.,Advanced Structural and Chemical Imaging,2017,第4作者
（11）ET： SPEC an accurate imaging model for electron tomography,Quantitative Bio Imaging,2017,第3作者
（12）A fully automatic geometric parameters determining method for electron tomography,13th International Symposium on Bioinformatics Research and Applications (ISBRA),2017,第4作者
（13）Accelerating Electron Tomography Reconstruction Algorithm ICON using the Intel Xeon Phi Coprocessor on Tianhe-2 Supercomputer,13th International Symposium on Bioinformatics Research and Applications (ISBRA),2017,第5作者
（14）Accelerating electron tomography reconstruction algorithm ICON with GPU,Biophysics Reports,2017,第5作者
（15）AutoGDeterm: Automatic Geometry Determination For Electron,Tsinghua Science and Techonology,2017,第4作者
（16）ICON-MIC: Implementing a CPU/MIC Collaboration Parallel Framework for ICON on Tianhe-2 Supercomputer,Journal of Computational Biology,2017,第5作者
（17）aWGRS: Automates Paired-end Whole Genome Re-sequencing Data Analysis Framework,2016 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM),2016,第11作者
（18）FASART: An iterative reconstruction algorithm with inter-iteration adaptive NAD filter,Bio-Medical Materials and Engineering,2015,第11作者
（19）BSIRT: A Block-Iterative SIRT Parallel Algorithm Using Curvilinear Projection Model,IEEE Transactions on Nanobioscience,2015,第11作者
（20）A Two-phase Improved Correlation Method for Automatic Particle Selection in Cryo-EM,IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics,2015,第11作者
（21）EPiK-a Workflow for Electron Tomography in Kepler,Procedia Computer Science,2014,第2作者
（22）A marker-free automatic alignment method based on scale-invariant features,Journal of Structural Biology,2014,第3作者
（23）Iterative methods in large field electron microscope tomography,SIAM Journal on Scientific Computing,2013,第1作者
（24）High-performance blob-based iterative three-dimensional reconstruction in electron tomography using multi-GPUs,BMC bioinformatics,2012,第1作者
（25）Three-dimensional Reconstruction Using an Adaptive Simultaneous Algebraic Reconstruction Technique in Electron Tomography,Journal of Structural Biology,2011,第1作者
（26）（27）（28）（29）（30）
发表著作

科研活动
科研项目（ 1 ） 面向复杂生物数据处理的高效计算方法, 参与,国家级,2013-01--2017-12
（ 2 ） 面向高分辨的电子断层三维重构算法研究, 主持,国家级,2013-01--2015-12
（ 3 ） 面向大尺度生物图像的高精度三维分子结构重构技术研究, 参与,国家级,2015-01--2018-12
（ 4 ） 面向高通量冷冻电镜图像的电子断层重构算法研究, 主持,国家级,2017-01--2020-12
（ 5 ） 面向典型疾病的高精度生物大分子三维结构研究, 参与,国家级,2017-01--2020-12
（ 6 ） 蛋白质机器的高分辨率冷冻电镜前沿技术及应用, 参与,国家级,2017-01--2021-12
（ 7 ） 地球大数据科学工程, 主持,部委级,2018-02--2022-12
（ 8 ） 面向深度学习的GPU虚拟化关键方法与技术研究, 主持,省级,2018-12--2021-12

参与会议

合作情况
项目协作单位

指导学生