基本信息
牛北方男硕导中国科学院计算机网络信息中心
电子邮件： bniu@sccas.cn
通信地址： 北京市海淀区中关村南四街四号
邮政编码： 100190

研究领域主要从事高性能计算与生物信息学研究，特别是基于下一代高通量测序（NGS）的肿瘤“精准医学”数据处理算法与软件技术。

招生信息
招生专业081202-计算机软件与理论

招生方向生物信息学，计算基因组学
高性能计算


教育背景2002-09--2009-02中国科学院计算机网络信息中心工学博士
1998-09--2002-07山东农业大学计算机系工学学士

学历研究生

学位博士

工作经历
工作简历2012-08~2015-01,美国圣路易斯华盛顿大学,staff research scientist
2009-03~2012-07,美国加州大学圣迭戈,博士后

社会兼职2018-10-20-今,中国计算机学会高性能计算专业委员会, 会员
2018-10-13-今,中国计算机学会生物信息专业委员会, 会员
2017-10-01-今,贵州大学,
2016-12-01-今,中国计算机学会,
2015-08-13-今,中国运筹学会计算生物学分会, 理事
2015-08-11-今,中国运筹学会, 会员


教授课程

专利与奖励
奖励信息（1） 2015年美国10大临床研究成就奖, 一等奖, 其他, 2015

专利成果

出版信息
发表论文（1）ATG7 Promotes Bladder Cancer Invasion via Autophagy‐Mediated Increased ARHGDIB mRNA Stability,Advanced Science,2019,第10作者
（2）Pan-Cancer Analysis of Somatic Mutations Across 21 Neuroendocrine Tumor Types,Cell Research,2018,其他（合作组作者）
（3）Different Erythrocyte MicroRNA Profiles in Low- and High-Altitude Individuals,Frontiers in Physiology,2018,第4作者
（4）肿瘤微卫星不稳定检测方法综述,A Review on Tumor Microsatellite Instability Detection Methods,计算机系统应用,2018,通讯作者
（5）MetaSpark: a spark-based distributed processing tool to recruit metagenomic reads to reference genomes,Bioinformatics,2017,通讯作者
（6）GenomeVIP: a cloud platform for genomic variant discovery and interpretation,Genome Research,2017,第6作者
（7）Proteogenomic integration reveals therapeutic targets in breast cancer xenografts,Nature Communications,2017,第10作者
（8）四种肿瘤体细胞单核苷酸突变检测 方法的比较,Comparison of Four Methods for Detecting Somatic Single Nucleotide Variant in Tumor Cells,科研信息化技术与应用,2017,通讯作者
（9）Systematic discovery of complex insertions and deletions in human cancers,Nature Medicine,2016,第10作者
（10）Divergent viral presentation among human tumors and adjacent normal tissues,Scientific Reports,2016,第9作者
（11）Protein structure guided discovery of functional mutations across 19 cancer types,Nature Genetics,2016,第1作者
（12）MSIsensor: microsatellite instability detection using paired tu-mor-normal sequence data,Bioinformatics,2014,第1作者
（13）Artificial and natural duplicates in pyrosequencing reads of metagenomic data,Nature,2013,第4作者
（14）FR-HIT, a Very Fast Program to Recruit Metagenomic Reads to Homologous Reference Genomes,Bioinformatics,2011,第1作者
（15）Artificial and natural duplicates in pyrosequencing reads of metagenomic data,BMC Bioinformatics,2010,第1作者
（16）

发表著作（1）FR-HIT Overview,SpringerReference,2014-06,第1作者
（2）Clustering-based HMP Sequence Comparison,SpringerReference,2014-06,第1作者
（3）Fast program for clustering and comparing large sets of protein or nucleotide sequences,SpringerReference,2014-06,第2作者


科研活动
科研项目（ 1 ） 生态环境损害鉴定评估业务化技术研究, 主持,国家级,2016-07--2020-12
（ 2 ） 抗肿瘤药物的个性化分层研究, 主持,部委级,2015-10--2018-12
（ 3 ） 基于高通量测序技术的新生儿出生缺陷筛查新技术研究与示范, 主持,省级,2016-01--2017-12
（ 4 ） 大尺度基因组重构及注释的高性能软件, 主持,部委级,2017-06--2020-12
（ 5 ） 泛癌体细胞突变热点分析算法研究, 主持,国家级,2018-01--2021-12
（ 6 ） 高性能计算虚拟数据空间, 主持,国家级,2018-07--2021-06

参与会议

合作情况
项目协作单位

指导学生已指导学生
陈玮硕士研究生081202-计算机软件与理论
现指导学生
李瑞琳博士研究生081202-计算机软件与理论
赵丹硕士研究生085211-计算机技术
张裕硕士研究生081202-计算机软件与理论
祝海栋硕士研究生081203-计算机应用技术
何小雨博士研究生081202-计算机软件与理论
韩鑫胤硕士研究生081202-计算机软件与理论
郝卉群博士研究生081202-计算机软件与理论
何志鹏硕士研究生085211-计算机技术
张舒莹硕士研究生085211-计算机技术
袁丹阳硕士研究生081202-计算机软件与理论
代闯闯博士研究生081202-计算机软件与理论
余果硕士研究生025100-金融