基本信息
孔宏智男博导中国科学院植物研究所
电子邮件： hzkong@ibcas.ac.cn
通信地址： 北京市海淀区香山南辛村20号
邮政编码： 100093

研究领域进化发育生物学、调控基因组学

招生信息
招生专业071001-植物学
071022-基因组学
071023-计算生物学

招生方向进化发育生物学


教育背景1995-09--2000-07中国科学院植物研究所博士
1991-09--1995-07西北大学生物学系学士

学历 -- 研究生

学位 -- 博士


工作经历2012.11至今 中国科学院植物研究所，任“系统学与进化发育”研究群领衔科学家
2011.08至今 中国科学院植物研究所，任系统与进化植物学国家重点实验室副主任
2008.07至今 中国科学院植物研究所，任“进化发育与调控基因组学”研究组组长
2007.06至今 中国科学院植物研究所，任博士生导师
2006.12至今 中国科学院植物研究所，任研究员
2006.06 – 2006.08 美国宾夕法尼亚州立大学，任高级访问
2002.04 – 2004.10 美国宾夕法尼亚州立大学，任访问、博士后
2003.10 – 2006.12 中国科学院植物研究所，任副研究员
2000.08 – 2003.10 中国科学院植物研究所，任助理研究员


工作简历2000-07~2016-06,中国科学院植物研究所,助理研究员、副研究员、研究员

社会兼职2014-10-27-今,《Molecular Biology and Evolution》期刊, Associate Editor
2013-12-30-今,《科技导报》, 编委
2013-12-29-今,上海市资源植物功能基因组学重点实验室学术委员会, 委员
2012-12-30-今,《Journal of Genetics and Genomics》期刊, Associate Editor
2011-12-30-今,《Plant Systematics and Evolution》期刊, Associate Editor
2011-12-30-今,中国细胞生物学会植物器官发生分会, 委员
2011-12-30-今,中国细胞生物学会染色体、基因组和蛋白质组分会, 委员
2010-12-30-今,中国科学院植物研究所学术委员会, 委员
2010-12-30-今,系统与进化植物学国家重点实验室学术委员会, 委员
2010-12-30-今,《Frontiers in Plant Evolution and Development》期刊, Review Editor
2010-10-30-今,《New Phytologist》期刊, Editor
2009-07-30-今,《生物多样性》期刊, 副主编
2009-07-30-今,《植物学报》期刊, 编委
2007-12-30-今,复旦大学植物科学研究所学术委员会, 委员
2007-12-30-今,中国植物学会植物分类与系统进化专业委员会, 委员
2007-12-30-2013-12-29,中国植物学会青年工作委员会, 委员


教授课程进化发育生物学
植物发育生物学
植物学前沿专题
植物的起源和系统发育


专利与奖励
奖励信息（1） “”科技创新领军人才, 部委级, 2016
（2） 全国优秀科技工作者, 国家级, 2014
（3） 中青年科技创新领军人才, 部委级, 2014
（4） 中国青年科技奖, 国家级, 2013
（5） 中国科学院青年科学家奖, 院级, 2012
（6） 国家科学基金, 国家级, 2011

专利成果

出版信息
发表论文（1）Flexibility in the structure of spiral flowers and its underlying mechanisms,Nature Plants,2016,通讯作者
（2）Gains and losses of cis-regulatory elements led to divergence of the Arabidopsis APETALA1 and CAULIFLOWER duplicate genes in the time, space and level of expression and regulation of one paralog by the other,Plant Physiology,2016,通讯作者
（3）生物多样性事业呼唤对物种概念和物种划分标准的深度讨论,生物多样性,2016,第1作者
（4）Interactions among proteins of floral MADS-box genes in Nuphar pumila (Nymphaeaceae) and the most recent common ancestor of extant angiosperms help understand the underlying mechanisms of the origin of the flower,Journal of Systematics and Evolution,2015,通讯作者
（5）从基因组到多样性,生物多样性,2014,通讯作者
（6）Evolution of the cyclin gene family in plants,Journal of Systematics and Evolution,2014,通讯作者
（7）MeioBase: a comprehensive database for meiosis,Frontiers in Plant Science,2014,通讯作者
（8）Disruption of the petal identity gene APETALA3-3 is highly correlated with loss of petals within the buttercup family (Ranunculaceae),Proceedings of the National Academy of Sciences USA,2013,通讯作者
（9）生物多样性是如何产生的？,生物多样性,2012,通讯作者
（10）Divergence of duplicate genes in exon–intron structure,Proceedings of the National Academy of Sciences USA,2012,通讯作者
（11）Revisiting taxonomy, morphological evolution and fossil calibration strategies in Chloranthaceae,Journal of Systematics and Evolution,2011,通讯作者
（12）Evolutionary pattern of the regulatory network for flower development: insights gained from a comparison of two Arabidopsis species,Journal of Systematics and Evolution,2011,通讯作者
（13）Mechanisms underlying copy number variation in F-box genes: evidence from comparison of 12 Drosophila species,Biodiversity Science,2011,通讯作者
（14）Interactions among proteins of floral MADS-box genes in basal eudicots: implications for evolution of the regulatory network for flower development,Molecular Biology and Evolution,2010,通讯作者
（15）Interactions among proteins of floral MADS-box genes in basal eudicots: implications for evolution of the regulatory network for flower development,Molecular Biology and Evolution,2010,通讯作者
（16）Evolution of F-box genes in plants: different modes of sequence divergence and their relationships with functional diversification,Proceedings of the National Academy of Sciences USA,2009,通讯作者
（17）Patterns of gene duplication in the plant SKP1 gene family in angiosperms: evidence for multiple mechanisms of rapid gene birth,The Plant Journal,2007,通讯作者
（18）Patterns of gene duplication and functional diversification during the evolution of the AP1/SQUA subfamily of plant MADS-box genes,Molecular Phylogenetics and Evolution,2007,通讯作者
（19）Duplication and divergence of floral MADS-box genes in grasses: evidence for the generation and modification of novel regulators,Journal of Integrative Plant Biology,2007,通讯作者
（20）Origins and evolution of the recA/RAD51 gene family: Evidence for ancient gene duplication and symbiotic gene transfer,Proceedings of the National Academy of Sciences USA,2006,第2作者
（21）The Evolution of the SEPALLATA subfamily of MADS-box genes: A pre-angiosperm origin with multiple duplications throughout angiosperm history,Genetics,2005,第2作者
（22）Genome-wide analysis of the cyclin family in Arabidopsis and comparative phylogenetic analysis of plant cyclin-like proteins,Plant Physiology,2005,第2作者
（23）Highly heterogeneous rates of evolution in the SKP1 gene family in plants and animals: Functional and evolutionary implications,Molecular Biology and Evolution,2004,第1作者
（24）Phylogenetic relationships within Chloranthus Sw. (Chloranthaceae) based on nuclear ITS and plastid trnL-F sequence data,American Journal of Botany,2002,通讯作者
（25）Floral organogenesis of Chloranthus sessilifolius K. F. Wu (Chloranthaceae) with special emphasis on the morphological nature of the androecium of Chloranthus Sw.,Plant Systematics and Evolution,2002,通讯作者
（26）Comparative morphology of leaf epidermis in the Chloranthaceae,Botanical Journal of the Linnean Society,2001,通讯作者
（27）Karyotypes of Sarcandra Gardn. and Chloranthus Sw. (Chloranthaceae) from China,Botanical Journal of the Linnean Society,2000,通讯作者
（28）Phylogeny in Chloranthus Swartz (Chloranthaceae) inferred from sequence analysis of nrDNA ITS region,Acta Botanica Sinica,2000,第1作者
（29）Taxonomic notes on Chloranthus henryi Hemsl. and its allies,Acta Phytotaxonomica Sinica,2000,通讯作者
（30）Karyomorphology of the genus Pomatosace Maxim. (Primulaceae).,Acta Phytotaxonomica Sinica,1999,第1作者
（31）Karyomorphology and relationships of the genus Circaeaster Maxim.,Acta Phytotaxonomica Sinica,1997,第1作者

发表著作

科研活动
科研项目（ 1 ） 减数分裂共性和特性的分子基础, 主持,国家级,2011-01--2015-08
（ 2 ） 重复基因在编码区分化的机制及其进化意义的研究, 主持,国家级,2010-01--2012-12
（ 3 ） 毛茛科植物花瓣形态和结构的适应性进化及其分子机制研究, 主持,国家级,2014-01--2018-12
（ 4 ） Eco-Evo-Devo与Genomics创新团队, 主持,部委级,2014-01--2016-12
（ 5 ） 植物进化与发育, 主持,国家级,2012-01--2015-12
（ 6 ） 花部性状发育和演化的遗传调控及其分子机制, 主持,部委级,2007-01--2010-12
（ 7 ） 基部真双子叶植物中A、B、C和E类MADS-box基因的进化, 主持,国家级,2006-01--2009-12
（ 8 ） 金粟兰中5个MADS-box基因的功能与进化研究, 主持,国家级,2005-01--2007-12
（ 9 ） 被子植物中最简单的花的发育与进化, 主持,国家级,2002-05--2006-04
（ 10 ） 金粟兰科的系统发育和分子生物地理学研究, 主持,国家级,2002-01--2004-12
（ 11 ） 新性状起源的分子机制和叠加效应研究——以黑种草属植物花瓣的表型复杂化为例, 主持,国家级,2017-01--2019-12

参与会议（1）Ranunculaceae and the evo-devo of the flower2016全国植物生物学大会2016-10-09
（2）Ranunculaceae and the evo-devo of the flower2016全国系统与进化植物学研讨会暨第十二届青年学术研讨会2016-09-09
（3）Nigella as a new model system for the study of plant development evolution基因组-表型组架桥分析全国研讨会2016-08-21
（4）Nigella as a new model for the study of plant developmental evolution第十二届全国植物结构与生殖生物学学术研讨会2016-08-01
（5）花起源和多样化的分子机制研究第一届进化遗传青年科学家论坛2016-07-15
（6）Nigella as a new model system for the study of plant developmental evolution37th New Phytologist Symposium: Plant Developmental Evolution2016-05-15
（7）Floral organ identity determination in Nigella damascena (Ranunculaceae), a species with spiral flowersThe 4th International Symposium on Plant Reproductive Development2015-08-03
（8）花器官身份决定：机制与进化2014全国系统与进化植物学研讨会暨第十一届青年学术研讨会2014-11-07
（9）Floral Organ Identity Determination: Mechanism and EvolutionThe Symposium of Genomics and Plant Evolution2014-10-13
（10）Divergence of Duplicate Genes in Exon-intron Structure18th Evolutionary Biology Meeting2014-09-15
（11）毛茛科中花瓣缺失的分子机制研究第十一届全国植物结构与生殖生物学学术研讨会2014-07-21
（12）Parallel petal losses within the buttercup family (Ranunculaceae) and their underlying mechanismsXIV Congress of the European Society for Evolutionary Biology (ESEB 2013)2013-08-19
（13）Buttercups and the Evo-Devo of FlowersThe 3rd International Symposium on Plant Reproductive Development2013-07-16
（14）花瓣的缺失及其分子机理2012年全国植物生物学大会2012-10-10
（15）毛茛科植物花瓣缺失的分子机理中国植物学会植物细胞生物学2012学术年会2012-08-26
（16）Evolution of the regulatory network for floral developmentThe Ninth International Conference on Plant Biology Frontiers: Reproductive Biology2011-10-30
（17）毛茛科花瓣的发育和进化研究2011年全国系统与进化植物学暨第十届青年学术研讨会2011-10-25
（18）Evolution of the regulatory network for floral developmentThe 18th Penn State Plant Biology Symposium2011-05-18
（19）Evolution of the regulatory network for floral developmentSino-German Symposium on Applied Plant Cell Biology2011-03-06
（20）Evolution of the regulatory network for floral developmentNew Frontiers in Plant Systematics and Evolution2010-07-07
（21）Evolution of the regulatory network for floral developmentPlant and Animal Genome XVIII conference2010-01-09
（22）Evolution of the regulatory network for flower developmentDarwin-China 200 Conference Celebrating 150th Anniversary of On the Origin of Species2009-10-24
（23）Toward understanding the evolution of the regulatory network for flower developmentBBSRC UK-China CP Meeting (Plant Reproductive Development)2009-07-30
（24）Genome-wide analysis of duplicated MADS-box and F-box genes: evidence for multiple mechanisms of duplication and diversification25th Symposium in Plant Biology - The Evolution of Plant Development2009-01-29
（25）Genome-wide analysis of duplicated MADS-box genes: evidence for multiple mechanisms of duplication and diversification第九届全国植物基因组学大会2008-07-18
（26）Duplication and diversification of floral MADS-box genesPre-Symposium of East Asian Society of Plant Taxonomists - Evo-Devo & Phylogenetics, Regional Floristic Studies2007-10-05
（27）Tracing the evolutionary histories of SKP1-like geneEvolutionary Biology in the 21st Century - Tracing Patterns of Evolution through the Tree of Life2007-06-03
（28）Evolution of the AP1/SQUA Subfamily of Plant MADS-Box Genes第一届全国植物进化发育生物学研讨会2005-08-23


合作情况
项目协作单位

指导学生已指导学生
张宁博士研究生071001-植物学
贾瑞冬博士研究生071001-植物学
刘杨博士研究生071001-植物学
李安硕士研究生071001-植物学
王斌博士研究生071001-植物学
张强博士研究生071001-植物学
徐桂霞博士研究生071001-植物学
张睿博士研究生071001-植物学
国春策博士研究生071001-植物学
张文根博士研究生071001-植物学
王培培博士研究生071001-植物学
李琳博士研究生071001-植物学
孟凡锐硕士研究生071001-植物学
戴军硕士研究生071001-植物学
李浩博士研究生071001-植物学
余显显博士研究生071001-植物学
现指导学生
段晓姗博士研究生071001-植物学
廖虹博士研究生071001-植物学
蒋永超博士研究生071001-植物学
叶玲玲博士研究生071001-植物学
傅学浩硕士研究生071001-植物学
姚序博士研究生071001-植物学
袁毅硕士研究生071001-植物学
程劼博士研究生071001-植物学
谢京合博士研究生071001-植物学
赵彩耀博士研究生071001-植物学
徐永欣硕士研究生071001-植物学
孙雨哲 博士研究生071001-植物学
武生聃博士研究生071001-植物学