1、招生信息2、教育背景3、工作经历4、教授课程5、专利与奖励6、出版信息7、科研活动8、合作情况9、指导学生
基本信息
蔡云鹏 男 硕导 中国科学院深圳先进技术研究院
电子邮件： yp.cai@siat.ac.cn
通信地址： 深圳市南山区大学城学苑大道1068号B-316
邮政编码： 518055
研究领域
招生信息

招生专业081203


招生方向生物信息学，模式识别与机器学习

教育背景2001-09--2007-01 清华大学 博士学位
1997-09--2001-07 清华大学 工学学士学位


学历

学位
工作经历

工作简历2011-06~现在, 中国科学院深圳先进技术研究院, 副研究员
2007-10~2011-04,美国佛罗里达大学, 博士后
2001-09~2007-01,清华大学, 博士学位
1997-09~2001-07,清华大学, 工学学士学位


社会兼职2012-06-11-今,深圳市科技专家库评审专家,
2012-04-30-今,国家自然科学基金委员会评审专家,

教授课程
专利与奖励

奖励信息（1）深圳市“孔雀人才”B类,院级,2013


专利成果
出版信息

发表论文（1） The hindgut lumen prokaryotic microbiota of the termite Reticulitermes flavipes and its responses to dietary lignocellulose composition, Molecular ecology, 2013, 第 2 作者
（2） Comparative metatranscriptomic signatures of wood and paper feeding in the gut of the termite Reticulitermes flavipes (Isoptera: Rhinotermitidae), Insect Molecular Biology, 2013, 第 3 作者
（3） A Candidate Molecular Biomarker Panel for the Detection of Bladder Cancer, Cancer Epidemiology Biomarkers and Prevention, 2012, 第 3 作者
（4） A large-scale benchmark study of existing algorithms for taxonomy-independent microbial community analysis, Briefings in Bioinformatics, 2012, 第 1 作者
（5） Secondary structure information does not improve OTU assignment for partial 16s rRNA sequences, The ISME Journal, 2012, 第 2 作者
（6） ESPRIT-Tree: hierarchical clustering analysis of millions of 16S rRNA pyrosequences in quasilinear computational time, Nucleic acids research , 2011, 第 1 作者
（7） Advanced computational algorithms for microbial community analysis using massive 16S rRNA sequence data, Nucleic acids research , 2010, 第 1 作者
（8） Effective structure learning for EDA via L1-regularizedbayesian networks, Proceedings of the 12th annual conference on Genetic and evolutionary computation conference, 2010, 第 3 作者
（9） Fast Implementation of l1 Regularized Learning Algorithms Using Gradient Descent Methods, 10th SIAM International Conference on Data Mining, 2010, 第 1 作者
（10） ESPRIT: estimating species richness using large collections of 16S rRNA pyrosequences, Nucleic acids research, 2009, 第 1 作者
（11） Duple-EDA and sample density balancing, Science in China: Series F, 2009, 第 1 作者
（12） Online Feature Selection Algorithm with Bayesian L1 Regularization, Advances in Knowledge Discovery and Data Mining, 2009, 第 1 作者
（13） Combining nomogram and microarray data for predicting prostate cancer recurrence, 8th IEEE International Conference on BioInformatics and BioEngineering, 2008, 第 2 作者
（14） Semi-supervised feature selection under logistic I-RELIEF framework, 19th International Conference on Pattern Recognition, 2008, 第 2 作者
（15） Cross entropy and adaptive variance scaling in continuous EDA, Proceedings of the 9th annual conference on Genetic and evolutionary computation conference, 2007, 第 1 作者
（16） Probabilistic modeling for continuous EDA with Boltzmann selection and Kullback-Leibeler divergence, Proceedings of the 8th annual conference on Genetic and evolutionary computation conference, 2006, 第 1 作者
（17） Global planning from local eyeshot: An implementation of observation-based plan coordination in robocup simulation games, Lecture Notes in Computer Science 2377, 2002, 第 1 作者


发表著作
科研活动

科研项目（ 1 ）先进院择优中心资助, 参与, 市地级, 2012-01--2012-12
（ 2 ）先进院低成本健康2012年重点突破经费/子课题, 主持, 市地级, 2012-01--2013-12
（ 3 ）基于伪度量空间分割树的超高深度测序比对处理与定量基因组学分析, 主持, 国家级, 2013-01--2015-12
（ 4 ）心脑血管疾病的异构数据整合性预警建模技术, 参与, 省级, 2013-01--2015-12
（ 5 ）面向进化基因组学的高通量测序数据流形建模, 主持, 国家级, 2015-01--2018-12


参与会议（1）Metagenomics: new tools for exploring microbiome-human interaction via DNA sequencing Yunpeng Cai 2011-07-26

合作情况

项目协作单位
指导学生