基本信息
刘凡 男 博导 北京基因组研究所
电子邮件：liufan@big.ac.cn
通信地址：北京市朝阳区北辰西路1号院104号楼
邮政编码：100101


研究领域课题组长简介
刘凡,男，1976年生于北京，中科院北京基因组研究所，中国科学院精准基因组医学重点实验室研究员，博士生导师。1999年在山东大学获得临床医学学士学位。后曾在荷兰伊拉斯谟大学医学中心学习工作13年（2002-2015），先后师从荷兰皇家科学院院士Conelia van Duijn教授和法医分子生物学专家Manfred Kayser教授，获硕士、理学博士、博士学位，从事博士后、Tenure助理教授、博士生导师的工作。2015年2月获国家青年****优先引进，10月份全职加入中国科学院北京基因组研究所，中国科学院精准基因组医学重点实验室任研究员。多年来从事遗传流行病学和基因组学的研究，在人类复杂性状的遗传力和遗传因子领域取得系统性的研究进展。带领研发的推断人类眼睛和头发颜色的两个DNA测试系统已经在国际上被广泛应用于法医检测。共发表四十余篇SCI期刊学术论文，累计他引千余次，其中第一或通讯作者15篇论文发表在Am J Hum Genet、Curr Bio、PLoS Genet、Hum Genet、Forensic Sci Int Genet等领域权威刊物。研究工作国内外同行认可，共有7篇论文被作为亮点报道。申请美国专利2项。研发软件包6项。独立或参与争取欧洲科研经费5项，总计290余万欧元。有多次主持国际合作科研课题，受邀在国际学术会议上作大会报告和主题报告，为Nature、Science等领域权威刊物审稿和文评的经验。
已发表论文详情：http://www.researcherid.com/rid/B-8833-2013

课题组研究方向
精准医学是医学领域的新兴革命性改革。刘凡课题组结合遗传流行病学、临床医学和生物信息学，利用高通量基因组测序等技术，致力于人类重大疾病的个体化基因组学研究：1）研究人类基因组及各类遗传和非遗传变异的复杂结构；2）研发新算法和流水线来揭示基因组变异和人类复杂性状和疾病之间的关联；3）利用遗传因子和疾病的关系建立精确DNA预测和诊断模型；4）建立大规模健康和专病人群队列，鉴定一批致病遗传因子，结合湿实验功能验证，深入解释重大疾病遗传力的构成。最终达到利用大数据分析和互联网共享，有机整合临床、基因组和其它组学的海量信息，为病人量身设计出最佳的疾病预防、诊断、及治疗方案。课题组研究方向有很强的实用价值，如协助临床诊断，孟德尔疾病产前测试和新生儿筛查，常见病高危人群普查，以及用药后不良反映预估等。除了医药相关的应用，鉴定人类外部可见性状的遗传因子在法医学和人类学等相关领域都有重要的实际应用价值。


招生招聘信息博士研究生招生简章

精准医学时代的基因组学是数据密集型的科学，涉及海量遗传和临床大数据的处理，整合，分析和深度挖掘。这就要求候选人具有较好的数学和遗传的理论知识和汇编及数据分析的动手能力。成功的候选人将会在课题组长的直接指导下致力于遗传分析方法学的研究，包括：1）在高通量基因分型技术和全基因组关联研究等方法的基础上，研发更高性能和效力的计算机流水线来鉴定与决定人类复杂性状的遗传因子。2）研发新的DNA预测模型，通过分析大量的基因组变异之间的相互作用来提高预测精度，并通过仿真模拟分析等方法进行验证。3）把新开发的方法应用于遗传海量数据的实际分析，现有数据包括几百万基因组变异、上万欧美和亚洲的人群大样本、和数百种临床性状和疾病。此外，成功候选人将有机会以访学或联培的身份赴荷兰Erasmus，澳大利亚Queensland，英国Kings College London等大学与同领域科学家进行合作交流。

一、申请要求：
*具有 (或应届) 基因组学、遗传学、流行病学、数理统计、生物信息、分子生物学、细胞生物学等相关专业硕士学位。
*具有以第一作者发表的SCI文章
*能够熟练使用常用生物信息工具；熟悉UNIX/Linux系统，掌握一门或以上编程语言（C/C++, Python, Perl, Java等），掌握一门或以上统计分析语言（R，Matlab，SPSS，SAS等）。
*有英文无障碍学术交流和论文写作的能力。
*此外，有以下经历经验的候选人会优先考虑：有在国际学术会议以英文作口头报告的经历，有临床医学的本科背景，有处理分析大型数据的经验，有服务器或数据库维护经验，有软件开发的经验。

二、毕业预期：成功候选人预期4年毕业，以第一作者身份发表2-3篇SCI学术论文。

三、岗位待遇: 待遇优厚，参照中国科学院北京基因组所相关标准执行。

四、招聘办法: 申请者提供个人简历及能证明本人能力及水平的相关资料复印件（学历证书、学位证书、专业技术职务任职证明材料、代表性论文）和至少两位推荐人的姓名及联系方式发送到邮箱（liufan@big.ac.cn）。

博士后、助理研究员、副研究员招聘简章

精准医学是在大样本研究获得疾病分子机制的知识体系基础上，以生物组学特别是基因组学数据为依据，根据患者个体在基因型、表型、环境和生活方式等各方面特异性，应用现代遗传学、分子影像学、生物信息学和临床医学等方法与手段，整合多组学信息，制定个性化精准预防、诊断、治疗和预后方案。精准医学研究集合了诸多现代医学科技发展的知识与技术体系，体现了医学科学发展趋势，也代表了临床实践的发展方向。中科院北京基因组研究所，中科院精准基因组医学重点实验室，刘凡课题组于2015年10月组建，以精准基因组医学为方向，利用大人群队列样本资源，以重大疾病、罕见病、和人类复杂性状的遗传因子为研究内容，以科研成果转化临床应用落地为最终目标，长期诚聘邻域内有识之士加入，共同发展，协同攻关，为精准医学的全面实现打下坚实的基础。研究组主页：http://sourcedb.big.cas.cn/zw/zjrc/qrjh/201504/t**_**.html。
一、 人员要求:
* 有与课题组研究大方向密切相关专业的博士学位，如生物信息，遗传学，生物统计学或数学，流行病学，基因组学。

* 热爱科研，有进取精神，善于沟通，有团队合作精神；有责任心和独立工作能力。

* 具有以第一作者或通讯作者发表的高水平SCI文章。

* 具有良好的英语阅读、写作和交流能力。

* 有大数据分析经验。

* 有三代测序数据分析或人群队列遗传因子研究经验（博士后）。

* 有博士后工作经验（助研）。

* 有参与申请科研经费并以学术骨干身份开展课题的经验（助研）。
* 有申请科研经费并主持相关课题的经验（副研）。
* 此外，有以下经历经验的候选人会优先考虑：有留访学经历，有领导或参与国际多中心合作科研项目的经验，有申请国内国际专利的经验，有带领科研团队的经验，有成果转化、风投评估等商拓相关经验，有生物影像学分析经验，有遗传咨询资质或经验。

二、 主要职责:
* 博后：独立完成科研课题，协助申请与课题组方向一致的科研课题。
* 助研：独立申请、开展并完成与课题组方向一致的科研课题。
* 副研：组建自己的科研团队，申请、开展并完成与课题组方向一致的课题，协助成果转化和商拓。

三、 岗位待遇:

1、待遇优厚，参照中国科学院北京基因组研究所相关标准执行。

2、课题组鼓励个人发展，充分保障提升空间和平台。

3、提供留、访学和国际学术交流机会。
四、 招聘办法:

申请者提供个人简历及能证明本人能力及水平的相关资料复印件（学历证书、学位证书、专业技术职务任职证明材料、代表性论文）、简要的个人规划、科研计划和至少两位推荐人的姓名及联系方式发送到邮箱（liufan@big.ac.cn）。申请者面试时应有较详细的科研计划。




教育背景 2003-09--2004-09 荷兰Erasmus大学 理学博士
2002-09--2003-09 荷兰Erasmus大学 硕士
1994-09--1999-09 山东大学医学院 学士

工作经历

工作简历 2015-10--今 中国科学院北京基因组研究所 研究员
2013-01--今 荷兰Erasmus大学 助理教授
2009-02--2012-12 荷兰Erasmus大学 博士后
2004-09--2009-02 荷兰Erasmus大学 博士

教授课程 遗传流行病学
专利与奖励

专利成果 （1） METHOD FOR PREDICTION OF HUMAN IRIS COLOR，发明，2011，第2作者，专利号：US**，广泛应用于法医鉴定
（2） METHOD FOR PREDICTION OF HUMAN IRIS COLOR，发明，2011，第2作者，专利号：WO**，广泛应用于法医鉴定

出版信息

发表论文 （1） Validation of image analysis techniques to measure skin aging features from facial photographs.，Skin Res Technol，2015，第5作者
（2） IRF4, MC1R, and TYR genes are risk factors for actinic keratosis independent of skin color.，Hum Mol Genet，2015，第2作者
（3） MC1R variants increased the risk of sporadic cutaneous melanoma in darker-pigmented Caucasians: a pooled-analysis from the M-SKIP project.，Int J Cancer，2015，第5作者
（4） Perceived skin colour seems a swift, valid and reliable measurement，Br J Dermatol，2015，第5作者
（5） Genetics of skin color variation in Europeans: genome-wide association studies with functional follow-up. ，Hum Genet，2015，通讯作者
（6） Prediction of male-pattern baldness from genotypes，Eur J Hum Genet，2015，第1作者
（7） A Genome-Wide Association Study Identifies the Skin Color Genes IRF4, MC1R, ASIP, and BNC2 Influencing Facial Pigmented Spots.，J Invest Dermatol，2015，第5作者
（8） Genetics of skin color variation in Europeans: genome-wide association studies with functional follow-up.，Hum Genet，2015，通讯作者
（9） Intrinsic and Extrinsic Risk Factors for Sagging Eyelids.，JAMA Dermatol，2014，第2作者
（10） GAGA: A New Algorithm for Genomic Inference of Geographic Ancestry Reveals Fine Level Population Substructure in Europeans.，PLoS Comput Biol，2014，第2作者
（11） PHOX2B polyalanine repeat length is associated with sudden infant death syndrome and unclassified sudden infant death in the Dutch population.，Int J Legal Med，2014，第2作者
（12） Of sex and IrisPlex eye colour prediction: A reply to Martinez-Cadenas et al.，Forensic Sci Int Genet，2014，通讯作者
（13） Developmental validation of the HIrisPlex system: DNA-based eye and hair colour prediction for forensic and anthropological usage. ，Forensic Sci Int Genet，2014，第5作者
（14） The common occurrence of epistasis in the determination of human pigmentation and its impact on DNA-based pigmentation phenotype prediction.，Forensic Sci Int Genet，2014，第4作者
（15） Colorful DNA polymorphisms in humans.，Semin Cell Dev Biol ，2013，通讯作者
（16） Common DNA variants predict tall stature in Europeans.，Hum Genet，2013，通讯作者
（17） The HIrisPlex system for simultaneous prediction of hair and eye colour from DNA. ，Forensic Sci Int Genet，2013，第2作者
（18） A Genome-Wide Association Study Identifies Five Loci Influencing Facial Morphology in Europeans.，PLoS Genetics，2012，第1作者
（19） Comprehensive candidate gene study highlights UGT1A and BNC2 as new genes determining continuous skin color variation in Europeans.，Hum Genet，2012，通讯作者
（20） DNA-based eye colour prediction across Europe with the IrisPlex system. ，Forensic Sci Int Genet，2012，第3作者
（21） Melanocortin-1 receptor, skin cancer and phenotypic characteristics (M-SKIP) project: study design and methods for pooling results of genetic epidemiological studies. ，BMC Med Res Methodol，2012，第5作者
（22） First all-in-one diagnostic tool for DNA intelligence: genome-wide inference of biogeographic ancestry, appearance, relatedness, and sex with the Identitas v1 Forensic Chip. ，Int J Legal Med ，2012，第5作者
（23） Genetic risk factors for cerebral small-vessel disease in hypertensive patients from a genetically isolated population. ，J Neurol Neurosurg Psychiatry，2011，第5作者
（24） Detecting Low Frequent Loss-of-Function Alleles in Genome Wide Association Studies with Red Hair Color as Example.，PLoS One，2011，通讯作者
（25） IrisPlex: A sensitive DNA tool for accurate prediction of blue and brown eye colour in the absence of ancestry information. ，Forensic Sci Int Genet，2011，第2作者
（26） Genetic determination of human facial morphology: links between cleft-lips and normal variation. ，Eur J Hum Genet，2011，第3作者
（27） Postnatal parental smoking: an important risk factor for SIDS. ，Eur J Pediatr，2011，第3作者
（28） Model-based prediction of human hair color using DNA variants. ，Hum Genet，2011，第2作者
（29） Association of HSP70 and its Co-Chaperones with Alzheimers Disease. ，J Alzheimers Dis，2011，第5作者
（30） The apolipoprotein E gene and its age-specific effects on cognitive function.，Neurobiol Aging，2010，第1作者
（31） Digital Quantification of Human Eye Color Highlights Genetic Association of Three New Loci.，PLoS Genetics，2010，第1作者
（32） Estimating human age from T-cell DNA rearrangements. ，Curr Biol，2010，第2作者
（33） A Genome-Wide Screen for Depression in Two Independent Dutch Populations. ，Biol Psychiatry，2010，第4作者
（34） A genome-wide association study of northwestern Europeans involves the C-type natriuretic peptide signaling pathway in the etiology of human height variation. ，Hum Mol Genet，2009，第5作者
（35） A Study of the SORL1 Gene in Alzheimers Disease and Cognitive Function.，J Alzheimers Dis，2009，第1作者
（36） Eye color and the prediction of complex phenotypes from genotypes.，Curr Bio，2009，第1作者
（37） Familial aggregation of preeclampsia and intrauterine growth restriction in a genetically isolated population in The Netherlands. ，Eur J Hum Genet，2008，第5作者
（38） An approach for cutting large and complex pedigrees for linkage analysis.，Eur J Hum Genet，2008，第1作者
（39） Three Genome-wide Association Studies and a Linkage Analysis Identify HERC2 as a Human Iris Color Gene. ，Am J Hum Genet，2008，第2作者
（40） The MSX1 allele 4 homozygous child exposed to smoking at periconception is most sensitive in developing nonsyndromic orofacial clefts. ，Hum Genet，2008，第4作者
（41） Maternal transmission of multiple sclerosis in a Dutch population. ，Arch Neurol，2008，第2作者
（42） A genomewide screen for late-onset Alzheimer disease in a genetically isolated Dutch population.，Am J Hum Genet，2007，第1作者
（43） IGF-1 CA repeat variant and breast cancer risk in postmenopausal women.，Eur J Cancer，2007，第2作者
（44） Relationship of the Ubiquilin 1 gene with Alzheimers and Parkinsons disease and cognitive function. ，Neurosci Lett，2007，第4作者
（45） Ignoring distant genealogic loops leads to false-positives in homozygosity mapping.，Ann Hum Genet，2006，第1作者

科研活动

科研项目 （1） 配套科研启动资金，主持，研究所（学校）级，2015-10--2018-10
（2） ****青年人才，主持，国家级，2015-02--2018-06

合作情况 刘凡课题组常年和荷兰Erasmus大学多科研科室保持良好科研合作关系，包括遗传流行病学和法医分子生物学方向的多项在研课题。
指导学生现指导学生

陈燕 硕士研究生 0710J3-生物信息学

景晓溪 硕士研究生 071007-遗传学