基本信息
吴凌云 男 博导 中国科学院数学与系统科学研究院
电子邮件： lywu@amss.ac.cn
通信地址： 北京市中关村东路55号
邮政编码： 100190
招生信息

招生专业070105


招生方向运筹学及其应用

教育背景1997-09--2002-07 中国科学院数学与系统科学研究院 博士
1993-09--1997-07 武汉大学数学系 本科

工作经历

工作简历2015-04~现在, 中国科学院数学与系统科学研究院, 研究员
2007-04~2015-04,中国科学院数学与系统科学研究院, 副研究员
2005-06~2007-04,中国科学院数学与系统科学研究院, 助理研究员
2003-09~2005-06,中国科学院数学与系统科学研究院, 博士后
2002-08~2003-08,香港科技大学工业工程与工程管理系, 博士后
1997-09~2002-07,中国科学院数学与系统科学研究院, 博士
1993-09~1997-07,武汉大学数学系, 本科


社会兼职2012-10-20-今,中国运筹学会, 理事
2011-09-01-今,中国运筹学会计算系统生物学分会, 副理事长

教授课程生物信息学与计算系统生物学
生物信息学与系统生物学

出版信息

发表论文（1） Cancer stem cells display extremely large evolvability: alternating plastic and rigid networks as a potential mechanism, Seminars in Cancer Biology, 2015, 第 5 作者
（2） iSuc-PseAAC: predicting lysine succinylation in proteins by incorporating peptide position-specific propensity, Scientific Reports, 2015, 第 5 作者
（3） iNitro-Tyr: Prediction of nitrotyrosine sites in proteins with general pseudo amino acid composition, PLOS ONE, 2014, 第 4 作者
（4） Discovery of co-occurring driver pathways in cancer, BMC Bioinformatics, 2014, 第 2 作者
（5） iSNO-PseAAC: Predict Cysteine S-Nitrosylation Sites in Proteins by Incorporating Position Specific Amino Acid Propensity into Pseudo Amino Acid Composition, PLOS ONE, 2013, 第 3 作者
（6） GOMA: Functional enrichment analysis tool based on GO modules, Chinese Journal of Cancer, 2013, 第 通讯作者 作者
（7） Corbi: A new R package for biological network alignment and querying, BMC Systems Biology, 2013, 第 通讯作者 作者
（8） Efficient methods for identifying mutated driver pathways in cancer, Bioinformatics, 2012, 第 3 作者
（9） Potts model based on a Markov process computation solves the community structure problem effectively, Physical Review, 2012, 第 3 作者
（10） Revealing metabolite biomarkers for acupuncture treatment by linear programming based feature selection, BMC Systems Biology, 2012, 第 4 作者
（11） CNetA: Network alignment by combining biological and topological features, Proceedings of the 6thIEEE International Conference on Systems Biology (ISB), 2012, 第 通讯作者 作者
（12） Community structure detection based on Potts model and network’s spectral characterization, Europhysics Letters, 2012, 第 3 作者
（13） NOA: a novel network ontology analysis method, Nucleic Acids Research, 2011, 第 5 作者
（14） An efficient network querying method based on conditional random fields, Bioinformatics, 2011, 第 通讯作者 作者
（15） Analyzing time-course gene expression data using profile-state hidden Markov model, Proceedings of the 5th IEEE International Conference on Systems Biology (ISB), 2011, 第 通讯作者 作者
（16） Detecting coherent local patterns from time series gene expression data by a temporal biclustering method, Proceedings of the 5th IEEE International Conference on Systems Biology (ISB) , 2011, 第 3 作者
（17） Prediction of protein-RNA binding sites by a random forest method with combined features, Prediction of protein-RNA binding sites by a random forest method with combined features, Bioinformatics, 2010, 第 2 作者
（18） An information-flowbased model with dissipation, saturation and direction for active pathway inference, An information-flowbased model with dissipation, saturation and direction for active pathway inference, BMC Systems Biology, 2010, 第 3 作者
（19） Semi-supervised drug-protein interaction prediction from heterogeneous biological spaces, Semi-supervised drug-protein interaction prediction from heterogeneous biological spaces, BMC Systems Biology, 2010, 第 2 作者
（20） SANA: an algorithm for sequential and non-sequential protein structure alignment, SANA: an algorithm for sequential and non-sequential protein structure alignment, Amino Acids, 2010, 第 2 作者
（21） 多阶段多目标多部门应急决策模型, Emergency decision model with multiple stages, multiple objectives, and multidivisional cooperation, 系统工程理论与实践, 2010, 第 3 作者
（22） Lysine acetylation sites prediction using an ensemble of support vector machine classifiers, Lysine acetylation sites prediction using an ensemble of support vector machine classifiers, Journal of Theoretical Biology, 2010, 第 4 作者
（23） DEA with weight constraints for evaluation of work safety supervision, DEA with weight constraints for evaluation of work safety supervision, Lecture Notes in Operations Research, 2010, 第 2 作者
（24） Conditional random pattern algorithm for LOH inference and segmentation, Conditional random pattern algorithm for LOH inference and segmentation, Bioinformatics, 2009, 第 1 作者
（25） Prediction of palmitoylation sites using the composition of K-spaced amino acid pairs, Prediction of palmitoylation sites using the composition of K-spaced amino acid pairs, Protein Engineering, Design, and Selection, 2009, 第 2 作者
（26） Evaluating protein similarity from coarse structures, Evaluating protein similarity from coarse structures, IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2009, 第 2 作者
（27） Self-organizing map approaches for the haplotype assembly problem, Self-organizing map approaches for the haplotype assembly problem, Mathematics and Computers in Simulation, 2009, 第 1 作者
（28） Predicting DNA and RNA-binding proteins from sequences with kernel methods, Predicting DNA and RNA-binding proteins from sequences with kernel methods, Journal of Theoretical Biology, 2009, 第 3 作者
（29） Pattern-selection based power analysis and discrimination of low- and high-grade myelodysplastic syndromes study using SNP arrays, Pattern-selection based power analysis and discrimination of low- and high-grade myelodysplastic syndromes study using SNP arrays, PLoS ONE, 2009, 第 4 作者


发表著作
科研活动

科研项目（ 1 ）复杂网络中的优化问题及其在系统生物学中的应用, 参与, 国家级, 2012-01--2016-12
（ 2 ）动态网络生物标记识别的可计算建模与算法, 主持, 国家级, 2014-01--2016-12


参与会议
合作情况

项目协作单位
指导学生现指导学生

刘寅亮 硕士研究生 070105-运筹学与控制论