数学教研室归属生物医学信息系，是一个正在发展的蕴涵新兴学科有着广阔前景的教研室。目前有在职教师9人，其中7人具有硕士学位。副教授、讲师和助教各3人。数学教研室承担着生物医学工程学院各层次的所有数学课程（高等数学、线性代数、概率统计、工程数学、离散数学、数值方法等），还承担着首都医科大学校本部各层次学生的医用高等数学和七年制医学统计学的全部课程。同时承担其他学院的学生的数理统计、线性代数与概率统计的课程，还有承担继续教育学院的全部数学课程。 几年来，数学教研室积极开展教改活动，努力提高教学水平，完成两项校教改课题，在业余时间，大家积极从事科学研究，完成一项校科研课题和一项北京市教委科研课题。目前在研课题有3项，分别为国家教育部教改课题一项、北京市教委科研课题两项。教研室人员科研工作方向是医学信号处理和应用统计学、数学模型应用等，近5年已发表论文约三十余篇。
数学教研室以科研带动教学，积极推动学生的兴趣小组活动，积极组织学生参加北京市高等学校组织的数学竞赛、数学建模竞赛，并取得了较好的成绩。指导工程学院本科生毕业设计，也取得较好成绩。