教师简介

苏震，教授，植物生理学与生物化学国家重点实验室，生物信息学与系统生物学


欢迎访问实验室网页（http://bioinformatics.cau.edu.cn/ZhenSuLab/）


学习与工作经历

1990年毕业于北京农业大学生物物理专业，1990至1997在中国科学院生物物理所细胞生物物理室工作，从事光生物物理和辐射生物物理等领域的研究，其间发表论文20余篇；1997至2003就读于美国亚利桑那大学农业与生命科学学院，获得环境科学专业博士学位，副修材料工程专业，主要从事计算机分子模拟和生物信息数据挖掘的研究；其间自2001年起，先后就职于美国TORREYMESA生物技术研究所、Activx生物医学公司和Syngenta生物技术公司，从事功能基因组学和蛋白组学研究并负责基因芯片实验室信息管理系统的管理、维护和数据挖掘。从2004年5月到中国农业大学至今，建立生物信息平台并在中国农业大学招收生物信息学专业的研究生；参与中国农业大学功能基因组中心建设，为转录组学和蛋白质组学平台提供实验管理和数据分析支撑，并在此基础上展开植物分子系统生物学的研究。


研究方向

主要研究方向为：大规模基因表达谱分析算法，基因表达调控网络构建，蛋白质功能预测与计算机生物活性分子高通量筛选等。参与过973计划《植物应答高盐、低温胁迫的分子调控网络机制研究》和《草本能源植物培育及化学催化制备先进液体燃料的基础研究》，863项目《网络海量RNA数据搜索、二次挖掘与应用集成软件的开发》等，主持过国家自然科学基金《降解农药残留的水稻细胞色素P450的功能基因组研究》，《拟南芥JAZ家族基因在茉莉酸和脱落酸间交互作用及协调水分胁迫适应性的分子机制研究》，《水稻籼粳亚种间细胞凋亡差异反应的分子机制研究》和《棉花和拟南芥应答水分胁迫的转录组数据比较分析及基因表达调控网络的构建》。


主讲课程

生物信息学(S020601)
生物信息学算法(S020602)
生物信息学Seminar(S020604和B020601)

联系方式

电话：62731380
邮件：zhensu
通讯地址：中国北京海淀区圆明园西路2号中国农业大学生物学院





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发表文章
近期发表文章：*(通讯作者)
DuZ,FeiT,VerhaakRGW,SuZ,ZhangY,BrownM,ChenC,LiuXS.(2013)Anintegratedapproachtoidentifyclinicallyrelevantlongnon-codingRNAs(IncRNAs)incancer.NatStructMolBiol.doi:10.1038/nsmb.2591.

XinYi,ZhouDu*,ZhenSu*.(2013)PlantGSEA:aGeneSetEnrichmentAnalysistoolkitforplantcommunity.NucleicAcidsResearch.doi:10.1093/nar/gkt281.
ZhouDu,HuiLi,QiangWei,XinZhao,ChunchaoWang,QilinZhu,XinYi,WenyingXu,X.ShirleyLiu*,WeiweiJin*,ZhenSu*.(2013)Genome-wideanalysisofhistonemodifications:H3K4me2,H3K4me3,H3K9acandH3K27ac,inOryzasativaL.japonica.MolecularPlant.doi:10.1093/mp/sst018.
XueyanZhang,DongxiaYao,QianhuaWang,WenyingXu,QiangWei,ChunchaoWang,ChuanliangLiu,ChaojunZhang,HongYan,YiLing,ZhenSu*,FuguangLi*.(2013)mRNA-seqanalysisoftheGossypiumarboreumtranscriptomerevealstissueselectivesignalinginresponsetowaterstressduringseedlingstage.PLoSONE.doi:10.1371/journal.pone.0054762.
FengxiaLiu,WenyingXu,QianSong,LubinTan,JiayongLiu,ZuofengZhu,YongcaiFu,ZhenSu*,andChuanqingSun*.(2013)MicroarrayAssistedFine-mappingofQuantitativeTraitLociforColdToleranceinRice.MolecularPlant.doi:10.1093/mp/sss161.
GaihuaZhang,YijingZhangandZhenSu*.(2012)CYPSI:astructure-basedinterfaceforcytochromeP450sandligandsinArabidopsisthaliana.BMCBioinformatics.13:332.
GaihuaZhangandZhenSu*.(2012)Inferencesfromstructuralcomparison:flexibility,secondarystructurewobbleandsequencealignmentoptimization.BMCBioinformatics.13(Suppl15):S12.
DongxiaYao,QiangWei,WenyingXu,RyanDSyrenne,JoshuaS.Yuan,andZhenSu*.(2012)ComparativegenomicanalysisofNACtranscriptionalfactorstodissecttheregulatorymechanismsforcellwallbiosynthesis.BMCBioinformatics.13(Suppl15):S10.

ZhenyanMiao,DaofengLi,ZhenhaiZhang,JiangliDong,ZhenSu*andTaoWang*.(2012)Medicagotruncatulatransporterdatabase:acomprehensivedatabaseresourceforM.truncatulatransporters.BMCGenomics.13:60.

DaofengLi,YunqinZhang,XiaonaHu,XiaoyeShen,LeiMa,ZhenSu,TaoWangandJiangliDong.(2011)TranscriptionalprofilingofMedicagotruncatulaundersaltstressidentifiedanovelCBFtranscriptionfactorMtCBF4thatplaysanimportantroleinabioticstressresponses.BMCPlantBiology.11:109.

DongxiaYao,XueyanZhang,XinhuaZhao,ChuanliangLiu,ChunchaoWang,ZhenghaiZhang,ChaojunZhang,QiangWei,QianhuaWang,HongYan,FuguangLi*,ZhenSu*.(2011)Transcriptomeanalysisrevealssalt-stress-regulatedbiologicalprocessesandkeypathwaysinrootsofcotton(GossypiumhirsutumL.).Genomics.98:47–55

WenyingXu,RendongYang,MeinaLi,ZhuoXing,WenqiangYang,GuangChen,HanGuo,XiaojieGong,ZhouDu,ZhenhaiZhang,XingmingHu,DongWang,QianQian,TaiWang,ZhenSu*,YongbiaoXue*.(2011)TranscriptomePhaseDistributionAnalysisRevealsDiurnalRegulatedBiologicalProcessesandKeyPathwaysinRiceFlagLeavesandSeedlingLeaves.PLoSONEdoi:10.1371/journal.pone.0017613

RendongYang,ChenZhang,ZhenSu*.(2011)LSPR:anintegratedperiodicitydetectionalgorithmforunevenlysampledtemporalmicroarraydata.Bioinformatics.27:1023-1025

YiLing,ZhouDu,ZhenhaiZhangandZhenSu*.(2010)ProFITSofmaize:adatabaseofproteinfamiliesinvolvedinthetransductionofsignallinginthemaizegenome.BMCGenomics.11:580.

ChaoDi,WenyingXu,ZhenSu*andJoshuaSYuan*.(2010)ComparativegenomeanalysisofPHBgenefamilyrevealsdeepevolutionaryoriginsanddiversegenefunction.BMCBioinformatics.11(Suppl6):S22.

LiQWei,WenYXu,ZhuYDeng,ZhenSu,YongbiaoXueandTaiWang.(2010)Genome-scaleAnalysisandComparisonofGeneExpressionProfilesinDevelopingandGerminatedPolleninOryzasativa.BMCGenomics.11:338.

RendongYangandZhenSu*.(2010)Analyzingcircadianexpressiondatabyharmonicregressionbasedonautoregressivespectralestimation.BIOINFORMATICS.26:i168-i174.

ZhouDu,XinZhou,YiLing,ZhenhaiZhang,andZhenSu*.(2010)agriGO:aGOanalysistoolkitfortheagriculturalcommunity.NucleicAcidsResearch38:W64-W70.

JieZhang,HaibinLu,XinyanLi,YanLi,HaitaoCui,Chi-KuangWen,XiaoyanTang,ZhenSu,andJian-MinZhou(2010)Effector-TriggeredandPathogen-AssociatedMolecularPattern–TriggeredImmunityDifferentiallyContributetoBasalResistancetoPseudomonassyringae.MolecularPlant-MicrobeInteractions.23:940–948.

LiuF,XuW,WeiQ,ZhangZ,XingZ,TanL,DiC,YaoD,WangC,TanY,YanH,LingY,SunC,XueY*,SuZ.*(2010)GeneExpressionProfilesDecipheringRicePhenotypicVariationbetweenNipponbare(Japonica)and93-11(Indica)duringOxidativeStress.PLoSONE5(1):e8632.

ZhenhaiZhang,JingyinYu,DaofengLi,ZuyongZhang,FengxiaLiu,XinZhou,TaoWang,YiLing,andZhenSu*.(2010)PMRD:plantmicroRNAdatabase.NucleicAcidsResearch.38:D806-D813

DaofengLi,ZhenSu,JiangliDongandTaoWang.(2009)AnexpressiondatabaseforrootsofthemodellegumeMedicagotruncatulaundersaltstress.BMCGenomics.10:517

XinZhou,ZhenSu,RDouglasSammons,YanhuiPeng,PatrickJTranel,CNealStewartJr,andJoshuaSYuan.(2009)Novelsoftwarepackageforcross-platformtranscriptomeanalysis(CPTRA).BMCBioinformatics.10(Suppl11):S16

Fu-QingWu,QiXin,ZhengCao,Zhi-QiangLiu,Shu-YuanDu,ChaoMei,Chen-XiZhao,Xiao-FangWang,YiShang,TaoJiang,Xiao-FengZhang,LuYan,RuiZhao,Zi-NingCui,RuiLiu,Hai-LiSun,Xin-LingYang,ZhenSu,andDa-PengZhang.(2009)TheMg-ChelataseHSubunitBindsAbscisicAcidandFunctionsinAbscisicAcidSignaling:NewEvidenceinArabidopsis.PlantPhysiol.150(4):1940-54

ZhouDu,XinZhou,LiLi,ZhenSu*.(2009)plantsUPS:adatabaseofplants'UbiquitinProteasomeSystem.BMCGenomics.10:227

郭华军,焦远年,邸超,姚冬霞,张盖华,郑雪,刘岚,张群莲,郭蔼光*,苏震*(2009).拟南芥转录因子GRAS家族基因群响应渗透和干旱胁迫的初步探索.植物学报44,290-299.

LinnaZhao,FengxiaLiu,WenyingXu,ChaoDi,ShaoxiaZhou,YongbiaoXue,JingjuanYu*,ZhenSu*.(2009)IncreasedexpressionofOsSPX1enhancescold/subfreezingtoleranceintobaccoandArabidopsisthaliana.PlantBiotechnologyJournal.7:550-561.

HaoLin,RenxiaoWang,QianQian,MeixianYan,XiangbingMeng,ZhimingFu,CunyuYan,BiaoJiang,ZhenSu,JiayangLi,YonghongWang.(2009)DWARF27,anIron-ContainingProteinRequiredfortheBiosynthesisofStrigolactones,RegulatesRiceTillerBudOutgrowththroughtheMAX/RMS/DPathway.PlantCell.21:1512-1525

Zhi-yuPeng,XinZhou,LinchuanLi,XiangchunYu,HongjiangLi,ZhiqiangJiang,GuangyuCao,MingyiBai,XingchunWang,CaifuJiang,HaibinLu,XianhuiHou,LijiaQu,ZhiyongWang,JianruZuo,XiangdongFu,ZhenSu,SonggangLi,andHongweiGuo.(2009)ArabidopsisHormoneDatabase:acomprehensivegeneticandphenotypicinformationdatabaseforplanthormoneresearchinArabidopsis.NucleicAcidsResearch.37:D975-D982

XinZhou,ZhenSu*.(2008)tCal:transcriptionalprobabilitycalculatorusingthermodynamicmodel.Bioinformatics.24:2639-2640

HeFei,KangJuqing,ZhouXin,SuZhen,QuLi-Jia,GuHongya.(2008)VariationatthetranscriptionallevelamongChinesenaturalpopulationsofArabidopsisthalianainresponsetocoldstress.ChineseScienceBulletin.Vol.53No.19pp.2989-2999

YiWang,Wen-ZhengZhang,Lian-FenSong,Jun-JieZou,ZhenSu,andWei-HuaWu.(2008)TranscriptomeanalysesshowchangesingeneexpressiontoaccompanypollengerminationandtubegrowthinArabidopsis.PlantPhysiol.148:1201-1211

Liu,F.,Xu,W.*,Tan,L.,Xue,Y.,Sun,C.,Su,Z.*(2008)Casestudyforidentificationofindel-causedalternativeexpressionisoformsinricesubspeciesjaponicaandindicabyintegrativegenomeanalysis.Genomics91:186–194

XinZhou,ZhenSu*.(2007)EasyGO:GeneOntology-basedannotationandfunctionalenrichmentanalysistoolforagronomicalspecies,BMCGenomics8:246

HouZC,XuGY,SuZ,YangN.（2007）Purifyingselectionandpositiveselectiononthemyxovirusresistancegeneinmammalsandchickens.Gene.396(1):188-95.

JiaJ,FuJ,ZhengJ,ZhouX,HuaiJ,WangJ,WangM,ZhangY,ChenX,ZhangJ,ZhaoJ,SuZ,LvY,WangG.(2006)Annotationandexpressionprofileanalysisof2073full-lengthcDNAsfromstress-inducedmaize(ZeamaysL.)seedlings.PlantJ.48(5):710-27.

ZhangX,ZhouS,FuY,SuZ,WangX,SunC.(2006)IdentificationofadroughttolerantintrogressionlinederivedfromDongxiangcommonwildrice(O.rufipogonGriff.).PlantMolBiol.62(1-2):247-59.



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获奖情况



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承担项目及课题

水稻籼粳亚种间细胞凋亡差异反应的分子机制研究:国家自然科学基金资助项目
棉花和拟南芥应答水分胁迫的转录组数据比较分析及基因表达调控网络的构建:国家自然科学基金资助项目
能源高粱等能源植物选择性培育及遗传学规律:国家重点基础研究发展计划（973计划）项目〈草本能源植物培育及化学催化制备先进液体燃料的基础研究〉子课题
植物应答高盐、低温胁迫的分子调控网络机制研究:国家重点基础研究发展计划（973计划）项目〈作物适应高盐、低温胁迫的分子调控机理〉子课题，已结题
降解农药残留的水稻细胞色素P450的功能基因组研究:国家自然科学基金资助项目，已结题
小RNA网络数据资源整合体系:国家高技术研究发展计划(863计划)项目《网络海量RNA数据搜索、二次挖掘与应用集成软件开发》子课题，已结题
拟南芥JAZ家族基因在茉莉酸和脱落酸间交互作用及协调水分胁迫适应性的分子机制研究:国家自然科学基金资助项目，已结题




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专利情况

杨仁东，苏震，徐文英ARSER表达谱波形分析软件计算机软件著作权登记号2010SRBJ3476
杨仁东，张臣，苏震，徐文英基于Lomb-Scargle周期图回归算法软件计算机软件著作权登记号2010SRBJ6734
孙传清，刘凤霞，谭禄宾，苏震，朱作峰，付永彩“一种辅助筛选耐冷水稻的方法与其专用引物”，专利号ZL200610089799.1
孙传清，刘凤霞，谭禄宾，苏震，朱作峰，付永彩“辅助筛选耐冷水稻的方法和它的专用引物”专利号200610088805.1
孙传清，刘凤霞，谭禄宾，苏震，朱作峰，付永彩“辅助筛选耐冷水稻的方法与其专用引物”专利号200610088803.2
孙传清，刘凤霞，谭禄宾，苏震，朱作峰，付永彩“一种辅助筛选耐冷水稻的方法及其专用引物”专利号200610088801.3
孙传清，刘凤霞，谭禄宾，苏震，朱作峰，付永彩“辅助筛选耐冷水稻的方法及其专用引物”专利号200610089798.7
苏震，刘凤霞，徐文英，谭禄宾，邸超，张振海，孙传清，薛勇彪“一种辅助筛选籼稻和粳稻的方法以及专用引物”专利号200810056529.X
苏震，刘凤霞，徐文英，谭禄宾，邸超，张振海，孙传清，薛勇彪“一种辅助筛选籼稻和粳稻的方法”专利号200810056530.2
苏震，徐文英，于静娟，赵琳娜，刘凤霞，周少霞“一种植物耐低温蛋白及其编码基因与应用”专利号200810115174.7
苏震，徐文英，于静娟，赵琳娜，刘凤霞，周少霞“植物耐低温蛋白及其编码基因与应用”专利号200810115175.1
苏震，徐文英，邸超，周少霞，张盖华“水稻细胞色素P450基因专用引物辅助鉴别植物培养基质中除草剂的残留”专利号200810118016.7
苏震，徐文英，邸超，周少霞，张盖华“水稻细胞色素P450基因专用引物辅助鉴别植物培养基质中除草剂的残留”专利号200810118017.1
苏震，徐文英，邸超，周少霞，张盖华“水稻细胞色素P450基因专用引物辅助鉴别植物培养基质中除草剂的残留”专利号200810118021.8
苏震，徐文英，邸超，周少霞，张盖华“水稻细胞色素P450基因专用引物辅助鉴别植物培养基质中除草剂的残留”专利号200810118019.0
苏震，徐文英，邸超，周少霞，张盖华“水稻细胞色素P450基因专用引物辅助鉴别植物培养基质中除草剂的残留”专利号200810118020.3




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社会兼职