姓　　名：郑晓明　　　性　别： 女　
职　　称：副研究员
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电子邮箱：zhengxiaoming@caas.cn
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课 题 组：野生稻资源保护和创新利用

本人简历:
郑晓明，副研究员，中国农业科学院科技创新工程科研创新团队研究助理。2000年9月至2004年7月在北京林业大学林学专业本科学习；2004年9月至2010年7月在中国科学院植物研究所攻读硕士和博士学位；1990年9月至1994年6月在东北农业大学作物遗传育种专业攻读博士学位，师从葛颂研究员。2010年8月至2013年7月在中国农业科学院作物科学研究所进行博士后研究，师从万建民研究员；2013年至今在中国农业科学院作物科学研究所工作至今，先后担任助理研究员、副研究员。
研究方向：
长期从事野生稻种质资源和栽培稻起源进化研究。
主要贡献：
发表文章10余篇，其中SCI累积影响因子为128。培养博士生1名，硕士生3名（含联合培养及专业学位硕士生），指导进修、实习人员6名。
1、栽培稻及其近缘野生种的群体结构和物种形成机制
参加完成了科技部国际合作项目“物种多样性形成和维持的机制与重要生物资源的研究和保护”，就栽培稻及其近缘野生种的群体结构和物种形成机制展开研究并取得重要进展。在项目执行期间，按照生态地理学原理，考察收集国外栽培稻近缘野生种64个群体，1360个体数。第一次对中国栽培稻和国际栽培稻的进行全面比较，明确全世界栽培稻有六类，其中中国栽培稻具有五类并且中国的粳稻具有比世界其他地区粳稻更高的多样性。结合国内外野生稻核心种质资源，利用多基因片段和溯祖理论的原理与方法，深入地探讨了栽培稻近缘野生种的群体遗传结构及物种形成机制。首次利用溯祖理论构建一个探讨物种形成中涵盖所有参数的影响模型，充分证明了溯祖理论在解决物种形成问题中的广阔前景；明确了现有栽培稻及其近缘野生类群的群体遗传结构和群体动态，为进一步利用栽培稻及其野生种开展群体遗传学、物种形成和驯化机制的研究奠定了理论基础。以第1作者发表SCI论文2篇，合作发表SCI论文4篇。
2、水稻抽穗期相关基因的分子遗传变异及适应机制
培育抽穗期适中的品种是扩大水稻生产面积保证水稻稳产的关键因素。由于栽培稻及其近缘野生种群体结构和进化背景清楚，能有效的展开水稻抽穗期相关基因的分子遗传变异及适应机制研究。共申请主持课题三项，包括国家青年科学基金“水稻抽穗期相关基因的分子遗传变异及适应机制”，博士后特别资助“水稻抽穗期相关基因的分子遗传变异及其种质资源鉴定”和博士后面上项目“栽培稻光调控途径关键基因的分子和功能研究”， 参加完成973子课题“水稻重要农艺性状的功能基因组和分子基础研究”一项。发现栽培稻驯化过程中长日照抑制途径是重要的驯化对象，所有现今发现的长日照抑制基因都经历了无功能化的过程，但是不同地区的品种无功能化的对象基因不同。同时我们还发现了影响抽穗期的微效基因DTH2中存在两个功能核苷酸多态性位点（FNP），这两个FNP与在亚洲北部自然长日照条件下的提早抽穗和增加适应性相关。这些成果为进一步开展水稻籼粳杂种优势利用，培育适宜抽穗期的水稻新品种奠定了技术、基因和材料基础，以第一作者在PNAS发表文章2篇，合作发表SCI文章4篇。
3、亚洲栽培稻的起源进化研究
参加完成了“973”项目“家养动物和栽培植物的起源”，利用重测序的方法对50个栽培稻及其近缘野生种进行研究，进一步证明了栽培稻基因组中中性基因的多次起源假说，利用溯祖模型检测到100多个栽培稻驯化过程中的受选择基因，为进一步研究栽培稻的起源进化提供了理论和材料基础，合作发表SCI论文2篇。
在研科研项目：
1.国家自然科学基金“水稻抽穗期相关基因的分子遗传变异及适应机制”，2014年01月至2016年12月。
2.博士后特别资助“水稻抽穗期相关基因的分子遗传变异及其种质资源鉴定”，2013年07月至2015年06月。
3.博士后面上项目“栽培稻光调控途径关键基因的分子和功能研究”，2010年12月至2011年12月。
主要论文和著作：
1.Gao H*, Jin M*, Zheng XM*, Chen J, Yuan D, Xin Y, Wang M, Huang D, Zhang Z, Zhou K,Sheng P, Ma J, Ma W, Deng H, Jiang L, Liu S, Wang H, Wu C, Yuan L, Wan J*. 2014. Days to heading 7, a major quantitative locus determining photoperiod sensitivity and regional adaptation in rice. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 111 (46) 16337-16342.
2.Wu W*, Zheng X-M*, Lu G*, Zhong Z, Gao H, Chen L, Wu C, Wang H-J, Wang Q, Zhou K, Wang J-L, Wu F, Zhang X, Guo X, Cheng Z, Lei C, Lin Q, Jiang L, Wang H, Ge S*, Wan J*. 2013. The association of functional nucleotide polymorphisms at DTH2 with the northward expansion of rice cultivation in Asia. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 110: 2775-2780.
3.Wang CH*, Zheng XM*, Xu Q, Yuan XP, Huang L , Zhou HF, Wei XH* Ge S*. 2013 Genetic diversity and classification of Oryza sativa with emphasis on Chinese rice germplasm. Heredity (2013), doi:10.1038/hdy.2013.130.
4.Zheng X-M*，Ge S*. 2010 Ecological divergence in the presence of gene flow in two closely related wild rice species (Oryza rufipogon and Oryza nivara). Molecular Ecology. 19: 2439 – 2454.
5.Liu Y*, Wu H*, Chen H,Liu Y,He J,Kang H,Sun Z,Pan G, Wang Q,Hu J, Zhou F,Zhou K,Zheng X, Ren Y,Chen L, WangY, Zhao Z, LinQ, Wu F, ZhangX, Guo X,Cheng X,Jiang L, WuC, Wang H, WanJ*. 2014. A gene cluster encoding lectin receptor kinases confers broad-spectrum and durable insect resistance in rice. Nature Biotechnology. DOI:10.1038/nbt.3069.
6.Wang Q,Liu Y, He J,Zheng X, Hu J, Liu Y, DaiH, Zhang Y,Wang B, Wu W, Gao H, Zhang Y, Tao X, Deng H,Yuan D, Jiang L,Zhang X, Guo X,Cheng X, Wu C, Wang H,Yuan L, Wan J*. 2014. STV11 encodes a sulphotransferase and confers durable resistance to rice stripe virus. Nature Communications. DOI:10.1038/ncomms5768.
7.Gao H*, Zheng XM, Fei G, Chen J, Jin Mingn, Rena Y, Wu W, Zhou K, Zhou F, Jiang L, Wang J, Zhang X, Guo X, Wang J-L, Cheng Z, Wu C, Wang H, Wan J*. 2013 Ehd4 Encodes a Novel and Oryza-genus Specific Regulator of Photoperiodic Flowering in Rice. Plos Genetics. 9(2): e**.
8.Huang L, Du YS, Zheng XM, Liu R, Zhou HF, Ge S. 2013 Nucleotide diversity of 11S seed storage protein gene and its implications for ecological adaptation of Oryza nivara. Journal of Systematics and Evolution 51 (6): 641–651.
9.Zhao Z*, Zhang Y, Liu X, Zhang X, Liu S, Yu X, Ren Y, Zheng XM, Zhou K, Jiang L, Guo X, Gai Y, Wu C, Zhai H, Wang H, Wan Ji* . 2013 A role for a dioxygenase in auxin metabolism and reproductive development in rice Developmental Cell.27:113–122.
10.Li X*, Zhu J, Hu F, Ge S, Ye M, Xiang H, Zhang G, Zheng XM, Zhang H, Zhang S, Li Q, Luo R, Yu C, Yu J, Sun J, Zou X, Cao X, Xie X, Wang J, Wang W*. 2012. Single-base resolution maps of cultivated and wild rice methylomes and regulatory roles of DNA methylation in plant gene expression. BMC Genomics 13: 300.
11.Xu X*, Liu X, Ge S, Jensen JD, Hu F, Li X, Dong Y, Gutenkunst RN, Fang L, Huang L, Li J, He W, Zhang G, Zheng X, Zhang F, Li Y, Yu C, Kristiansen K, Zhang X, Wang J, Wright M, McCouch S, Nielsen R, Wang J, Wang W*. 2012. Resequencing 50 accessions of cultivated and wild rice yields markers for identifying agronomically important genes. Nature Biotechnology 30: 105-111.
12.Li Z-M*, Zheng X-M，Ge S*. 2011. Genetic diversity and domestication history of African cultivated rice (Oryza glaberrima) as inferred from multiple gene sequences. Theoretical and Applied Genetics 123: 21-23.
13.Zhou H-F*, Zheng X-M, Wei R-X , Second G, Vaughan DA, Ge S*. 2008. Contrasting population genetic structure and gene flow between Oryza rufipogon and Oryza nivara. Theoretical and Applied Genetics 117: 1432-2242.
14.Zhu Q*, Zheng X-M, Luo J-C, Gaut BS, Ge S*. 2007. Multilocus analysis of variation of Oryza sativa and its wild relatives: severe bottleneck during domestication of rice. Molecular Biology and Evolution 24: 875-888.