一种基于PPI网络的乳腺癌差异基因分析算法

王小玉, 冯阳

哈尔滨理工大学 计算机科学技术学院, 哈尔滨 150080

收稿日期:2019-08-29发布日期:2020-08-15

作者简介:王小玉(1971-),女,教授,E-mail:wangxiaoyu@hrbust.edu.cn.
基金资助:国家自然科学基金项目（60572153，60972127）；黑龙江省教育厅科学技术项目（12541177）

An Algorithm for Differential Gene Analysis of Breast Cancer Based on PPI Network

WANG Xiao-yu, FENG Yang

School of Computer Science and Technology, Harbin University of Science and Technology, Harbin 150080, China

Received:2019-08-29Published:2020-08-15

摘要/Abstract

摘要： 为了提高对于乳腺癌差异基因筛选的准确率，从分子层面出发，结合拷贝数与基因表达两方面特征，分析了乳腺癌差异表达基因，研究了乳腺癌的发病机制，为乳腺癌的诊疗提供了新的研究思路.在癌症基因组图谱中下载乳腺癌的拷贝数和基因表达数据，利用R软件通过卡方检验提取乳腺癌拷贝数差异基因，结合edgeR差异基因分析算法，筛选乳腺癌差异表达基因，利用ks检验关联两方面差异基因，分析其相关性，结合string数据库构造蛋白质互作网络，筛选核心基因，通过生存分析和GO富集分析验证结果的准确性.以基因差异表达倍数大于1，p值小于0.05为标准，筛选出基因表达差异基因共有10 579个，上调基因7 543个，下调基因3 036个，经验证发现，ATAD2B等8个基因与乳腺癌的发生发展密切相关.
中图分类号:
TP399

引用本文

王小玉, 冯阳. 一种基于PPI网络的乳腺癌差异基因分析算法[J]. 北京邮电大学学报, 2020, 43(4): 76-82.
WANG Xiao-yu, FENG Yang. An Algorithm for Differential Gene Analysis of Breast Cancer Based on PPI Network[J]. Journal of Beijing University of Posts and Telecommunications, 2020, 43(4): 76-82.





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