北京师范大学水科学研究院成立于2005年1月，是全国教育系统第一家专门从事水科学前沿领域研究的机构。水利部原部长、全国人大财经委员会副主任汪恕诚教授任我院名誉院长，中国科学院院士刘昌明、林学钰和中国工程院院士孟伟是我院地表水、地下水和生态环境方向的学科带头人。
　　水科学研究院具有多学科交叉、综合性强的专业性优势。水科学研究院下设水文与水资源系、地下水科学与工程系、水生态与环境研究所。拥有地下水污染控制与修复教育部工程技术中心、水沙科学教育部重点实验室、北京师范大学地下水科学与工程研究中心、北京师范大学环境应急管理技术研究中心、土壤-地下水修复实验室及数字流域实验室，在北京通州、福建泉州以及河北易县、栾县、冉庄等地建有野外实习基地，为开展各类复杂、综合性的科学实验与教学研究提供了重要支撑和保障。
　　水科学研究院在水科学研究方面的学科设立较为完备、学科层次结构合理。在人才培养方面，拥有5个硕士学位授予点（水文学与水资源、地下水科学与工程、环境科学、环境工程、水力学及河流动力学）、3个博士学位授予点（地下水科学与工程、环境科学、环境工程）。经教育部批准，我院与中国环境科学研究院共建环境科学与工程博士授予点。学院还设有环境科学与工程以及地理学博士后流动站。
　　水科学研究院拥有一支结构合理、素质精良的师资队伍。在编教师34人，其中，中国科学院院士2人、中国工程院院士1人（院士均为双聘），教授11人，副教授7人，有26名教师具有博士学位。在站博士后15名，聘请国内外兼职教授和客座教授10余名。目前在校培养的硕士研究生有90多名，博士研究生近60名。
　　水科学研究院全体教职员工团结拼搏、开拓进取、勇于创新，将为把北京师范大学建设成为“综合性、有特色、研究型世界知名高水平大学”而做出积极贡献。