中药药理系始建于1956年，1993年确定为校级重点学科；1995年批准为中西医结合-治则与方药博士点2001年确定为国家中医药管理局重点学科。
　　
　　中药药理重点学科建设共有人员19人，其中教授5人，副教授2人，讲师5人。
　　
　　中药药理学科总面积约800平方米，科研实验室8个，包括：消化药理实验室、生物电测试实验室、脑功能实验室、血液学实验室、神经药理实验室、一般药理实验室、毒理室、细胞培养室；教学实验室3个，实验准备室1个以及动物室、药品室、教师办公室、研究生学习室、档案室等。中药药理系共有仪器设备150台件（5万元以上11台件），总价值约250余万元。
　　
　　中药药理学科面向研究生、本科生、专科生开设《药理学进展》《中药新药研究思路与方法》《药理学》《中药药理学》四门课程，每学年授课达3.6万人时数。81年起开展研究生教育，至今共培养研究生40人其中博士后2人，博士11人，硕士27人。
　　
　　主要研究方向有：1）中药防治脑血管病的研究；2）中药防治胃肠系统疾病的研究；3）中药神经药理研究。近五年承担国家级课题8项、部局级课题11项、国际合作课题5项、校级课题5项、横向课题约11项；科研成果曾获国家二等奖2项、国家中药管理局科研进步三等奖2项、北京市科学进步二等奖1项、北京中医药大学科技进步一等奖1项、二等奖2项；新药研制转让成果1项。
　　
　　中药药理学科经过近50年的发展，目前已形成具有一定学术特色，教学科研相结合，为国家培养高级中药药理学人才的专业学科。