研究领域：
自然辩证法、科学思想史、博物学
学术奖励与科研项目：
2013年“第七届北京市高校‘马克思主义基本原理概论’课教学基本功比赛”，二等奖；“第七届北京市高校思想政治理论课教学基本功比赛”，三等奖，中共北京市教育工作委员会主办；2015年北京市大学生人文知识竞赛二等奖（指导老师）
参与项目：
1、“西方博物学文化与公众生态意识关系研究”，国家社科基金重大项目，子课题负责人，2013-2017。
2、林奈的自然经济思想研究，新进教师科研启动基金项目，主持人，2012-2014。
3、“《马克思主义基本原理》教学模式探索”，北京市教工委专项课题，2013。
4、“生态文明建设国际比较”，北京林业大学科技创新计划项目（团队），参与，2013-2015。
出版著作或论文：
1、“林奈自然经济的缘起与实践”，徐保军，《自然辩证法研究》，2015年12月，第31卷第12期，63-69页。
2、“使徒、通信者与林奈体系的传播”，徐保军，《学术前沿》，2015年11月下，92-95页。
3、“浅谈西方哲学的通识教育及定位”，徐保军，《北京林业大学教改论文集》，2015年12月。
4、“林奈的博物学：“第二亚当”建构自然世界新秩序”，徐保军，《广西民族大学学报（哲学社会科学版）》，2011年11月，第33卷第6期，25-31页。
5、“科学家每年应发表几篇科研论文？”，徐保军、刘华杰，《科技导报》，2008年7月，第26卷14期。
6、“科学家每年应发表几篇文章？”（完全版），徐保军、刘华杰，《我们的科学文化：科学的算计》，华东师范大学出版社，2009年7月，40-51页。
7、“盖娅假说的发展与传播”，徐保军，《我们的科学文化：科学的越位》，华东师范大学出版社，2010年12月，81-93页
书或译作：
《生态文明建设国际案例集》，樊阳程、徐保军等主编，中国林业出版社，2016年1月。
《神经科学的哲学基础》，贝内特、哈克著，张立、徐保军等译，浙江大学出版社，2008年9月。
书评：原来我们生活在盖娅之中，徐保军，《中华读书报》，2007年10月10日13版
其它：
1、闻花能治病？ 徐保军编译，科学世界，2010年第1期
2、是月亮让泰坦尼克沉没了吗？ 徐保军编译，科学世界，2009年第12期
其他：
北京科学史与科学社会学学会理事