简介
研究方向
发表论著
承担科研项目
项目组情况
招生信息

徐晨欢(XU Chenhuan)
博士生导师，研究员
E-Mail：xuchh@big.ac.cn
研究领域：基因组学
导师简介：学习经历：
2001年9月-2005年7月 上海交通大学 生物技术专业 理学学士学位
2005年9月-2012年7月 中国科学院上海生化细胞研究所 发育生物学专业 理学博士学位
工作经历：
2012年7月-2013年8月 中国科学院马普计算生物学研究所 助理研究员
2013年9月-2019年8月 美国埃默里大学 博士后研究员
2019年9月至今 中国科学院北京基因组研究所 研究员 博士生导师
学术兼职：

获奖及荣誉：


三维基因组学，表观遗传学，转录调控，DNA与染色质复制

近期主要学术成果：
1.Resolution of the DNA methylation state of single CpG dyads using in silico strand annealing and WGBS data.
Xu C, Corces VG.
Nat Protoc. 2019 Jan;14(1):202-216.
2.Nascent DNA methylome mapping reveals inheritance of hemimethylation at CTCF/cohesin sites.
Xu C, Corces VG.
Science. 2018 Mar 9;359(6380):1166-1170.
3.Genome-Wide Mapping of Protein-DNA Interactions on Nascent Chromatin.
Xu C, Corces VG.
Methods Mol Biol. 2018;1766:231-238.
4.Towards a predictive model of chromatin 3D organization.
Xu C, Corces VG.
Semin Cell Dev Biol. 2016 Sep;57:24-30.
5.Genome-wide roles of Foxa2 in directing liver specification.
Xu C, Lu X, Chen EZ, He Z, Uyunbilig B, Li G, Ma Y, Hui L, Xie B, Gao Y, Ding X, Hu Y, Hu P, Han JD, Wang X.
J Mol Cell Biol. 2012 Dec;4(6):420-2.




　　处于稳态的细胞在细胞复制期（S phase）除了需要精确复制基因组DNA序列，还需要忠实复制多个层次的表观遗传信息（DNA化学修饰，组蛋白化学修饰，染色质开放性，DNA调控元件远程相互作用等），以确保子代细胞具备与父代细胞一致的基因表达与谱系特征。细胞内存在一整套确保各种表观遗传信息在细胞周期内得到精确复制的分子机制。这些机制的失调会导致细胞在经历细胞分裂后子代细胞命运发生改变或功能失调，最终导致癌变等病理变化。我们实验室的工作主要包括以下两方面：
　　1) 在DNA复制过程中，DNA聚合酶需要直接“阅读”裸露的DNA分子，这意味着父代DNA上的所有蛋白组分都需要暂时与DNA解离。这些蛋白组分包括：携带各种激活或抑制性修饰的组蛋白，起激活或抑制转录作用的转录因子，负责DNA调控元件远程相互作用的架构蛋白（architectural proteins）等。细胞如何在新复制的DNA上忠实还原这些表观遗传信息，是一个对细胞命运决定和稳态维持至关重要的命题。我们将把之前建立的一套高效标记、示踪、和纯化新生染色质的方法与表观基因组学、单细胞组学等结合，以期揭示细胞周期内各种表观遗传信息如何维持以及如何调控基因表达的机理。
　　2) 在细胞分化过程中，大量表观遗传修饰的重编程导致的基因表达变化是使细胞命运发生改变的主要驱动力之一。在DNA复制过程中，在DNA聚合酶经过之后的一段“空窗”期内，新生成的DNA子链不携带任何表观遗传修饰。同理，之前包裹父代DNA的携带各种激活性或抑制性的表观遗传信息的组蛋白也会暂时解离。这个“空窗”期对于处于分化过程中的细胞是一个绝佳的重编程表观遗传信息的阶段。我们将利用人源胚胎干细胞早期分化为模型，系统研究新生染色质上的全能性维持相关的表观遗传信息如何丢失，和促分化的表观遗传信息如何建立的机制，以及这些信息的重编程如何促进细胞转录水平的变化和细胞命运的改变。
　　此外，我们也将致力于开发更多新颖的实验与计算生物学方法，用于对细胞内表观遗传信息的多个层次进行更高分辨率的解读。

遗传学和基因组学;本课题组长期招聘博士后，希望更多的爱好科研的人才加入我们的团队。