为适应北京市经济发展需求，1997年成立生物技术学部，现更名为生物医药学部。坐落在北京城市学院航天城校区，地处中关村科技产业园区，毗邻中关村生命科学园、国家航天城、永丰科技产业基地，高科技气息浓厚。主要围绕生物医药产业的发展需求，以培养应用型人才作为办学目标。目前包括生物技术和中药学两个本科专业。生物技术专业下设生物技术（应用技术）、生物技术（生物制药）、生物技术（食品营养与卫生）、生物技术（食品安全与检测）四个方向。同时还设三个专科专业即生物制药技术、中药（执业药师）和食品营养与检测专业。
　　“面向市场，自主办学”是北京城市学院始终坚持的办学理念，“严谨办学，服务社会”是生物医药学部始终秉承的信念。学部办学理念可概括为“1234”-- 围绕1个中心（以学生能力培养为中心）；坚持2个立足（立足社会需要和学生实际）；做到3个结合（理论教学与实验（践）教学 相结合、第一课堂与第二课堂相结合、专业学习与岗位实践相结合）；培养学生4种能力（思维能力、动手能力、沟通能力、学习能力）。生物技术专业的毕业生就业于北京高校、科研院所、生物技术有关的企业；中药学专业毕业生主要就业于北京市的中医药企事业单位如医药公司、药店、药厂及医院等；食品专业毕业生主要就业于质量技术监督检验部门、科研部门、医院学校等营养科、食品生产及餐饮业等。另外生物医药学部实行两证教育，注重在校期间的职业资格培训，使学生毕业后具有从业资格。近五年来就业率达98%以上。我们的毕业生以踏实肯干，实验动手能力强、有较强的社会适应能力而深受用人单位的欢迎。每年均有学生考取硕士研究生，常常凭借较强的动手能力和丰富的实习实训经验脱颖而出。
　　生物医药学部专职教师队伍中副教授以上职称占54%，具有博士学位教师占60%、硕士学位教师占40%。同时从北京大学、清华大学、北京中医药大学、中国农业大学等重点高校聘请了资深教授，从生物医药、食品行（企）业聘请专家作为兼职教师。形成了以副教授及博士为骨干的一支年轻的专职教师队伍和一批有丰富教学经验的稳定的兼职教师队伍。教师在学院“改革探索，勤奋进取，艰苦创业，开拓前进”的校训鼓舞下，形成了团结协作，积极进取，敢挑重担，探索创新的精神。2009年生物技术专业团队被评为“北京市生物技术专业创新团队”教师们投身于教学,对学生倾注一片爱心，注重教学经验的积累和教学方法的改进，并通过言传身教将严谨的治学态度和勇于探索的创新精神融入整个教学过程中，切实履行教书育人的神圣职责。
　　学部十分重视实验室和实习实训基地的建设，于2002年创建中药与生物技术实验教学中心。现有显微互动实验室、分子生物学实验室、生物化学实验室、中药药剂学实验室、食品质量检测等10个实验室，中心总面积2291.5m2。建设资金750余万元，拥有固定资产640（台）套，价值525万元,中心注重学生实验技能的培养，强化学生科研思维能力训练。中药与生物技术实验教学中心2004年通过北京市教委的“北京高等学校基础课实验室评估”，被认定为“合格实验室”，2009年被评为“北京市级实验教学示范中心”。学部与百花山自然保护区、松山自然保护区、河北安国药材市场、中国农科院植物保护研究所等10余个单位建立教学实习基地。
　　学部重视教研和科研工作，2004年以来主持或参加院级以上教研项目10余项，科研项目近10项，发表教研及科研论文60余篇。近年来学部加强校企合作，如2009年与浙江**生物有限公司合作，成功进行技术转让项目一项。