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高琳:CytoTalk: De novo construction of signal transduction networks using single-cell transcriptomic d

本站小编 Free考研考试/2021-12-26



Academy of Mathematics and Systems Science, CAS
Colloquia & Seminars

Speaker: 高琳,西安电子科技大学
Inviter: 张世华
Title:
CytoTalk: De novo construction of signal transduction networks using single-cell transcriptomic data
Time & Venue:
2021.11.24 09:00-10:00 思源楼525
Abstract:
Single-cell technology enables study of signal transduction in a complex tissue at unprecedented resolution. We describe CytoTalk for de novo construction of cell type–specific signaling networks using single-cell transcriptomic data. Using an integrated intracellular and intercellular gene network as the input, CytoTalk identifies candidate pathways using the prize-collecting Steiner forest algorithm. Using high-throughput spatial transcriptomic data and single-cell RNA sequencing data with receptor gene perturbation, we demonstrate that CytoTalk has substantial improvement over existing algorithms. To better understand plasticity of signaling networks across tissues and developmental stages, we perform a comparative analysis of signaling networks between macrophages and endothelial cells across human adult and fetal tissues. CytoTalk enables de novo construction of signal transduction pathways and facilitates comparative analysis of these pathways across tissues and conditions.

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