数学与系统科学研究院是中国科学院的一个博士生重点培养基地。所属的四个研究所是我国最早被批准具有硕士、博士学位授予权的单位之一。
数学与系统科学研究院拥有“数学”、“系统科学”、“管理科学与工程”3个一级学科的学位授予权；12个二级学科（基础数学、计算数学、概率论与数理统计、应用数学、运筹学与控制论、系统建模与控制理论、优化决策、系统理论、复杂系统与控制、计算机软件与理论、管理科学与工程、管理运筹学）的学位授予权，可以在此范围内招收和培养硕士、硕博连读和博士学位研究生。在2006年全国学科评估中，我院数学学科的整体评估得分为本学科的最高分数。
数学与系统科学研究院名师荟萃，拥有以吴文俊院士（首届国家最高科学技术奖获得者）为代表的一批著名院士，堪称我国数学和系统科学界的大师之园，同时还拥有一大批学识渊博、学术造诣精深、在科研和教学工作中担当中坚骨干力量的中青年优秀科学家。
现有研究生导师140人，其中45岁以下导师人数达到50%，中国科学院院士15人，中国工程院院士2人，第三世界科学院院士5人，中科院“百人计划”入选者24人，国家杰出青年基金获得者A类36人，B类18人，C类1人。
在研究生导师中，院士17人为：吴文俊、陆启铿、王元、杨乐、万哲先、丁夏畦、丁伟岳、林群、陈翰馥、石钟慈、马志明、严加安、陆汝钤、郭雷、李邦河、崔俊芝、刘源张。
在研究生导师中，国家杰出青年科学基金获得者36人 为：郭雷、席南华、袁亚湘、高小山、张纪峰、吉敏、周向宇、张汉勤、李嘉禹、冯琦、王友德、孙笑涛、陈志明、程兵、汪寿阳、王跃飞、巩馥洲、姚鹏飞、贾朝 华、曹道民、徐飞、张立群、郭宝珠、周爱辉、洪奕光、杨晓光、张平、白中治、张旭、王启华、黄飞敏、金芝、邹国华、张晓、周勇、李洪波。
2009年我院和中科院研究生院数学科学学院联合创办研究生实验班，该班根据“加强基础、拓宽专业、因材施教、尊重兴趣”的指导思想，按照一年级集中基础教学，二年级选择导师和研究方向的培养模式，采用更加灵活的管理方式，培养高素质创新拔尖人才。
近十年（1999-2009）研究生招生情况统计
|
年度
|
博士招生人数
|
硕士招生人数
|
|
2009年
|
94
|
111（含实验班20人）
|
|
2008年
|
89
|
89
|
|
2007年
|
87
|
86
|
|
2006年
|
85
|
90
|
|
2005年
|
79
|
86
|
|
2004年
|
69
|
62
|
|
2003年
|
80
|
52
|
|
2002年
|
80
|
56
|
|
2001年
|
69
|
49
|
|
2000年
|
61
|
50
|
|
1999年
|
45
|
33
|
|
1998年
|
44
|
31
|
|
合计
|
882
|
795
|
数学与系统科学研究院致力于做出原创性、突破性和关键性的研究成果，以培养和造就高层次杰出人才为己任，热忱欢迎有志于数学与系统科学事业的优秀青年报考我院，为实现“建设国际一流数学与系统科学研究机构”的宏伟目标而努力奋斗！
