学校是以医学为主体，相关学科协调发展的高等医学院校。现设有临床医学、护理学、法医学等18个本科专业，9个专科专业。研究生教育设有15个硕士学位授权点，基本涵盖了基础医学和临床医学各科室。设有10个实验中心。

    学校拥有一支结构合理、素质良好、水平较高的师资队伍。现在职教职医护员工2102余人，其中有正高职称120人，副高职称317人，享受政府特殊津贴49人。

    学校办学规模稳步扩大，人才培养层次逐步提升。至2007年8月底，全日制在校生8672人，其中本科7135人；专科438人；硕士研究生245人。毕业生就业率均处在省属高校前列。建校以来为社会培养了2.1万名医疗卫生人才。1984年至1997年与原地质矿产部联合办学14年，毕业生遍布全国各地。

学校办学条件完善，服务设施完备。占地936亩，各类建筑面积33.19万平方米，拥有现代化教学楼、图书馆、实验楼、学生公寓、学生活动中心等教学设施及多功能体育馆、足球场、篮球场、排球场等体育设施。建有完备的校园计算机信息网络。

学校重视教学科学研究，教学科研仪器设备先进。现拥有省级精品课程7门，省基础课实验教学示范中心1个。主办《皖南医学院学报》、《中国临床药理与治疗学》两种刊物，面向国内外发行。

学校有教学(实习)医院58所，其中附属医院8所（直属附院1所）和46家专业实践教学基地。附属弋矶山医院创建于1888年，是安徽省第一所西医医院、首批三级甲等医院，为皖南及皖江地区的医疗、教学、科研、预防中心。