学科建设是高校建设的核心内容之一，既是培养高水平研究生人才、出高水平成果的重要保证，也是衡量一所高校学术水平和知名度的标志。
　　近年来我校围绕国家重大战略需求和国际学科发展前沿，根据合理布局、强化特色、突出重点、建设基地的原则，贯彻教学和科研并重、科学与技术结合的指导思想，遵循“以重点学科建设为龙头，传统学科内涵改造为契机，优先发展信息科学、生命科学、工程与材料科学，充分发挥在数学、物理、化学、天体、地学和空间科学等方面的学科优势，积极扶植金融、管理和人文科学，大力探索交叉学科”的方针，以提高研究生培养质量和效益、改善学科结构、发挥学科整体优势为宗旨，建设一流的学科体系。经过持续不断的努力和长期的学术积累，我校学科建设取得了显著进展：学科点数量迅速增长，学科布局日趋合理，导师队伍不断壮大，学科在国内外的影响日益扩大。现已发展到18个一级学科博士学位授权专业、98个博士点（其中16个交叉学科博士点），133个硕士点、17个博士后流动站、39个博士后流动站学科专业、11个“211”工程重点学科建设项目、19个安徽省重点学科。在2001年国家重点学科申报中，科大喜获丰收，申报的23个学科，有19个进入国家重点学科行列，在博士学科门类只有理、工、管的结构体系下，重点学科数由原来的4个增加到19个，一举跃升到全国第八（并列），其中理学门类重点学科数15个、居全国第三；物理学科重点学科数5个、居全国第一。另外，量子信息、单分子化学、纳米材料、极地环境等学科方向领域还取得了一些原创性成果，在国际学术界产生了重要影响。在教育部学位与研究生教育发展中心公布的2002年度至2004年度全国一级学科整体水平评估排名中，我校有11个一级学科进入全国前五名，数量列全国第6位。这为中国科技大学研究生教育打下坚实的基础。
　　我校还依托理工学科背景和资源，积极拓展专业学位类型，近几年专业学位异军突起，继工商管理硕士（MBA）学位后，又获准开展工程硕士和公共管理硕士（MPA）等专业学位授权工作。目前我校可以在机械工程、仪器仪表工程、动力工程、电子与信息工程、控制工程、计算机技术、软件工程、化学工程、核能与核技术工程、生物工程、物流工程等11个领域开展工程硕士专业学位授权试点，并成为全国首批试办软件学院和最早获准开展软件工程硕士专业学位授权试点的高校之一。在2001年中国高校工商管理硕士（MBA）学位试点单位第二批教学合格评估中，我校MBA教育的各项指标均名列前茅，列参评高校第七位。
　　通过加强学科建设，我校现已基本形成龙头学科与支撑学科、传统学科与前沿学科、基础学科与应用学科并存、互长的良性学科生态环境，所有这些为进行高水平的研究生教育和培养奠定了坚实的基础。