张志勇


电话：
E-mail：http://zzyzhang@ustc.edu.cn


主要研究方向：
发展生物大分子多尺度模拟的新方法，如构象空间增强采样技术和粗粒化模拟，等等；
多尺度模拟整合核磁共振、冷冻电镜以及X射线小角散射等结构数据，研究生物大分子（蛋白、核酸及复合物）的结构及动态变化。
运用机器学习算法分析生物大分子的结构大数据。


个人简历：
博士，教授：1994 年9月至1998年7月就读于中国科学技术大学生物系，分子与细胞生物学学士学位；1998年9月至2003年7月在中国科学技术大学生命科学学院免试硕博连读，生化与分子生物学博士学位，获“求是”及“中国科学院院长”奖。2003年12月至2006年12月在美国得克萨斯休斯顿健康科学中心从事博士后研究，期间获得Keck Center Pharmacoinformatics Fellowship的资助；2006年12月至2010年3月在犹他大学化学系从事博士后研究；2010年4月至2010年12月在芝加哥大学化学系从事博士后研究。2010年4月通过中国科技大学优秀人才引进，受聘为生命科学学院教授。专业是计算生物学，研究成果发表在Journal of the American Chemical Society, Journal of Chemical Theory and Computation和Biophysical Journal 等国际学术期刊上。

主要科研项目：
科技部重大科学研究计划（973），2013CB910203，亚纳米尺度表征蛋白质动态学的新技术新方法；
国家自然科学基金面上项目，**，多尺度模拟集成小角散射数据研究蛋白质构象变化的方法；
国家自然科学基金面上项目，**，计算机模拟整合冷冻电镜结构研究生物大分子复合物的组装。
发表论文:研究成果发表在Journal of the American Chemical Society, Journal of Chemical Theory and Computation和Biophysical Journal 等国际学术期刊上。目前已发表研究论文47篇（SCI收录论文42篇），其中通讯或第一作者论文25篇（SCI收录论文23篇）。

主要论著：
[01] Difei Xu, Rongsheng Ma, Jiahai Zhang, Zhijun Liu, Bo Wu, Junhui Peng, Yanan Zhai, Qingguo Gong, Yunyu Shi, Jihui Wu, Qiang Wu, Zhiyong Zhang*, Ke Ruan*. Dynamic nature of CTCF tandem 11 zinc fingers in multivalent recognition of DNA as revealed by NMR Spectroscopy. The Journal of Physical Chemistry Letters 2018 (9): 4020-4028
[02] Bin Wen, Weiwei Wang, Jiahai Zhang, Qingguo Gong, Yunyu Shi, Jihui Wu*, Zhiyong Zhang*. Structural and dynamic properties of the C-terminal region of the Escherichia coli RNA chaperone Hfq: integrative experimental and computational studies. Physical Chemistry Chemical Physics 2017 (19): 21152-21164
[03] Peng Cheng#, Junhui Peng#, Zhiyong Zhang*. SAXS-oriented ensemble refinement of flexible biomolecules. Biophysical Journal 2017 (112): 1295-1301
[04] Junhui Peng, Zhiyong Zhang*. Unraveling low-resolution structural data of large biomolecules by constructing atomic models with experiment-targeted parallel cascade selection simulations. Scientific Reports 2016 (6): 29360
[05] Yonghui Zhang, Junhui Peng, Zhiyong Zhang*. Structural modeling of proteins by integrating small-angle X-ray scattering data. Chinese Physics B 2015 (24): 126101
[06] Junhui Peng, Debiao Zhao, Bin Wen, Zhiyong Zhang*. Determining structural models of biomolecular complexes integrating nuclear magnetic resonance, small-angle X-ray scattering and computational simulations. Chinese Journal of Magnetic Resonance 2015 (32): 181-194
[07] Yonghui Zhang, Bin Wen, Junhui Peng, Xiaobing Zuo, Qingguo Gong, Zhiyong Zhang*. Determining structural ensembles of flexible multi-domain proteins using small-angle X-ray scattering and molecular dynamics simulations. Protein & Cell 2015 (6): 619-623
[08] Zhiyong Zhang*. Systematic methods for defining coarse-grained maps in large biomolecules. Advances in Structural Bioinformatics 2015 (827): 33-48
[09] Bin Wen#, Junhui Peng#, Xiaobing Zuo, Qingguo Gong, Zhiyong Zhang*. Characterization of protein flexibility using small-angle X-ray scattering and amplified collective motion simulations. Biophysical Journal 2014 (107): 956-964
[10] Junhui Peng, Zhiyong Zhang*. Simulating large-scale conformational changes of proteins by accelerating collective motions obtained from principal component analysis. Journal of Chemical Theory and Computation 2014 (10): 3449-3458
[11] Debiao Zhao, Xuejuan Wang, Junhui Peng, Chongyuan Wang, Fudong Li, Qianqian Sun, Yibo Zhang, Jiahai Zhang, Gang Cai, Xiaobing Zuo, Jihui Wu, Yunyu Shi, Zhiyong Zhang*, Qingguo Gong*. Structural investigation of the interaction between the tandem SH3 domains of c-Cb1-associated protein and vinculin. Journal of Structural Biology 2014 (187): 194-205