医学工程学院是合肥工业大学整合学校制药工程学科和生物医学工程学科相关资源于2011年3月组建而成。学院设置有制药工程和生物医学工程2个本科专业，拥有生物化工二级学科硕士学位授权点，制药工程硕士学位授权点，制药工程专业硕士学位授权点，以及生物质化学与化工博士学位授权资格。制药工程学科和生物医学工程学科已经培养本科生和研究生1100多人。目前在校本科生和研究生近500人。
　　医学工程学院致力于制药工程和生物医学工程专业人才的培养，专注于医药、诊疗技术与设备、医疗仪器与制造，以及生物材料、组织工程等新兴研究领域。学院下设制药工程系和生物医学工程系，拥有药物分子设计与合成研究所、生物医学信息工程研究所和隶属于教育部农产品生物化工工程研究中心的生物化工与制药工程研究所。学院建有生物医学与制药工程中心实验室和控释药物研究室，实验设备价值一千多万元。此外，医学工程学院还建有校内外实习教学基地10余家，具有较完备的专业实践教学与科研实验平台条件。
　　医学工程学院现有教职员工25人，包括教授5人、副教授5人和高级实验师2人。教职员工中拥有博士学位的占20人，来自于医学、药学、化学、制药工程、生物化工、生物医学工程、材料工程等专业教育背景。部分教师同时具有工业界一线工作经历。这支队伍先后承担了多项教学研究课题，取得了国家级教学成果二等奖1项、省级教学成果二等奖1项和国家级质量工程项目2项。
　　医学工程学院已经完成数十项国家级、省部级科研课题以及企业委托科研项目。学院在新药创制和制药工程研究方向具有较强的实力，已经开发出一类新药心脑血管药物银杏内酯B注射剂；作为区域性缓释化疗技术的引领者，开发了国内外首创的抗肿瘤氟尿嘧啶植入剂（新药证书和GMP证书）。目前学院正在大力拓展医疗成像技术和组织材料工程等特色科研领域。
　　医学工程学院积极投身于办学理念和人才培养模式的创新，努力打造高水平、有特色的师资队伍，不断完善实验与科研条件，为学生成长提供强有力的保障。