合肥工业大学运输与物流工程系是在原汽车运用工程专业教研室的基础发展而来的，主要承担交通运输本科专业的教学与实践工作，并负责载运工具运用工程专业研究生培养工作。现有专业教师11名，其中教授3人，副教授3人，高级实验师1人，讲师4人，具有博士学位5人，在职攻读博士学位1人，硕士生指导教师5人。教师知识背景涵盖车辆工程、交通运输规划与管理、载运工具运用工程、交通信息工程与控制、物流工程等专业，是一支完全能够胜任交通运输专业本科生与研究生教学及相关科学研究工作的学术团队。运输与物流工程系承担的主要课程有：交通运输学、汽车运用工程学、汽车维修工程、汽车运输场站设计、交通事故工程、物流工程、物流系统规划与设计、物流管理信息系统、交通港站与枢纽、物流技术装备、轨道交通站场与枢纽、汽车检测与诊断等。近几年来，运输与物流工程系承担各类科研项目20多项。目前承担有国家自然科学基金项目、安徽省自然科学基金项目、安徽省科技攻关项目等。承担的年科研经费合同金额300余万元，近三年在核心期刊发表学术论文50余篇，出版专著、教材1部。