土木建筑工程学院的前身是安徽省立蚌埠高级工业职业学校土木科，是学校创办初期的三个专业之一。1953年为适应煤矿建设需要改名为矿山建筑系。1961年定名为建筑工程系，设有工业与民用建筑和建筑学两个专业。文化大革命期间，原安徽水电学院并入我校，其农田水利工程专业和水利水电工程建筑专业划归建筑工程系，当时建筑工程系设有工业与民用建筑专业、农田水利工程专业和水利水电建筑工程专业。1979年，水利类专业划出，成立水利工程系，建筑学专业恢复招生，1982年成立建筑设计研究所。1986年因各自发展需要，建筑工程系一分为三，即建筑工程系、建筑学系和建筑设计研究院。1988年5月水利工程系更名为土木工程系，设有农田水利工程、水利水电建筑工程专业，并设有土木工程建筑结构、给水排水工程、交通土建工程方向，1994年5月，经国家教委批准，正式设立给排水专业和交通土建专业。筑工1999年6月，土木工程系、建筑工程系和数学力学系的力学部分合并为现在的土木建筑工程学院，设有土木工程、给水排水工程、水利水电建程和建筑环境与设备专业，现今的土木工程专业是由原建筑工程专业和交通土建专业合并而成。
　　
　　土木建筑工程学院现设有土木工程、给排水工程、水利水电工程、建筑环境与设备工程、农田水利工程5个本科专业。有工程力学1个博士学位授权点，有工程力学、结构工程、岩土工程、水工结构工程、水文学及水资源、水力学及河流动力学、市政工程、工程测量、、固体力学等9个工学硕士授权点；有水利工程1个工程硕士学位授权点。学院现有教职工124人，其中教授15人，副教授及相应职称38人，讲师及相应职称45人。教师有博士学位的有8人，硕士学位56人。截止2001年年底，现在在院学生2422人，其中全日制本科学生1632人，学院管理的成教学生286人，博士、硕士研究生280人，研究生课程班学生224人。