姓名：聂金福
地址：科学岛
类型：硕导
所在科研单元：健康所


导师介绍



聂金福，中国科学院合肥肿瘤医院医学病理部、中国科学院合肥物质科学研究院医学物理与技术中心分子病理学研究室正高级工程师。2000年在美国马凯特大学获计算机及数理统计专业硕士学位，2000年至2012年在威斯康辛医学院及威斯康辛大学莫格里奇研究院从事软件开发和生物信息学研究，2013年至2016年在美国梅奥诊所组建生物信息分析团队并担任主管。2016年底加入中科院合肥研究院医学物理中心及中科院合肥肿瘤医院。

Introduction





研究领域



生物物理学（生物医学信息学、分子生物学）生物工程

招生专业



学术硕士招生计划：          1、专业：计算机应用技术（硕士）招生方向：生物信息学学术硕士招生计划：          1、专业：计算机应用技术（硕士）招生方向：生物信息学学术硕士招生计划：          1、专业：计算机应用技术（硕士）招生方向：生物信息学

研究成果



1.Nie J, Stewart R, Zhang H, Thomson JA, Ruan F, Cui X, Wei H. TF-Cluster: A pipeline for identifying functionally coordinated transcription factors via network decomposition of the shared coexpression connectivity matrix (SCCM). BMC Syst Biol. 2011 Apr 15;5:53.2.Wang L1,Nie J (并列第一作者),Sicotte H, Li L, Eckel-Passow J, SurendraDasari, Vedell J Measure transcript integrity using RNA-seq data. BMC Bioinformatics.2016 Feb 3;17(1):583.Du J, Aleff RA, Soragni E, Kalari K, Nie J, Tang X, Davila J, Kocher JP, Patel SV, Gottesfeld JM, Baratz KH, Wieben ED.RNA toxicity and missplicing in the common eye disease fuchs endothelial corneal dystrophy.J Biol Chem. 2015 Mar 6;290(10):5979-904.Wang L, Nie J, Kocher JP.PVAAS: identify variants associated with aberrant splicing from RNA-seq.Bioinformatics. 2015 May 15;31(10):1668-705.Kalari KR, Nair AA, Bhavsar JD, O'Brien DR, Davila JI, Bockol MA, Nie J, Tang X, Baheti S, Doughty JB, Middha S, Sicotte H, Thompson AE, Asmann YW, Kocher JP.MAP-RSeq: Mayo Analysis Pipeline for RNA sequencingBMC Bioinformatics. 2014 Jun 27;15:2246.Sun Z, Wu Y, Ordog T, Baheti S, Nie J, Duan X, Hojo K, Kocher JP, Dyck PJ, Klein CJ.Aberrant signature methylome by DNMT1 hot spot mutation in hereditary sensory and autonomic neuropathy 1E. Epigenetics.2014 Aug;9(8):1184-937.Hou Z, Meyer S, Propson NE, Nie J, Jiang P, Stewart R, Thomson JA. Characterization and target identification of a DNA aptamer that labels pluripotent stem cellsCell Res.2015 Mar;25(3):390-38.Cho M, Oh SS, Nie J, Stewart R, Radeke MJ, Eisenstein M, Coffey PJ, Thomson JA, Soh HTArray-based discovery of aptamer pairs.Anal Chem.2015 Jan 6;87(1):821-89.Cho M, Soo Oh S, Nie J, Stewart R, Eisenstein M, Chambers J, Marth JD, Walker F, Thomson JA, Soh HT Quantitative selection and parallel characterization of aptamersProcNatlAcadSciU S A. 2013 Nov 12;110(46):18460-510.Meyer S, Maufort JP, Nie J, Stewart R, McIntosh BE, Conti LR, Ahmad KM, Soh HT, Thomson JAhttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/**PLoS One. 2013 Aug 13;8(8):e71798